Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcatgtttaaatctctaccatgactgtgagcatgttctccgcaactgctgaccctgaaggaatatcatattgcccaaggtcctaattttttcttcttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGTGCCGGTGTGACAATGATTGAAGGGGCAGGCAGTCTAGTTGATGCTCATA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G806449_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G806449_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g56850.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtcatgtttaaatctctaccatgactgtgagcatgttc-tccgcaactgctgaccctgaaggaatatcatattgcccaaggtcctaattttttcttcttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGTGCCGGTGTGACAATGATTGAAGGGGCAGGCAGTCTAGTTGATGCTCATA
     ||   |  | | ||| ||  || ||| | |||| | |   | |  |  | |   |  |||    ||   |||||  |  |||          |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| || || |||||||| |||  || | | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
-----gtcagagccgcaaccttggttgggagaacgttcctgcattattatttgctcgttataaatgct-tacaacccaatattgtaaaaaccg----ttctctgcagACTCAAGAAATTGTTAGACTAAATGGAGTATACCAGAGGATTCTTGGCAATTCTGGTGTGACAATGATTGAAGGGGCAGGCAGTTTGGTTGATGCTCATA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211339791|gb|FK980807.1|FK980807
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGATATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|149077608|gb|EE166308.2|EE166308
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|29577206|gb|CB617318.1|CB617318
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|31611942|gb|CD568564.1|CD568564
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|31664370|gb|CD573095.1|CD573095
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|211426649|gb|FL071977.1|FL071977
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|24934176|gb|CA452394.1|CA452394
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|31405875|gb|CD484607.1|CD484607
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|30306583|gb|CD001256.1|CD001256
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCCTTACCAG
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCC-TTACCAG
EST: gi|24934507|gb|CA452725.1|CA452725
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|211426648|gb|FL071976.1|FL071976
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|211337400|gb|FK980798.1|FK980798
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGATATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTG
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTG
EST: gi|28910264|gb|CB331352.1|CB331352
EST:     GATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: GATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTA-TTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|211341005|gb|FL266234.1|FL266234
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATC
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATC
EST: gi|32938226|gb|CF043045.1|CF043045
EST:     AGATTAACGGAGGTATTATTTTCAATTGGAAAACGATATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|31611973|gb|CD568595.1|CD568595
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|76012767|gb|DT939937.1|DT939937
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|148994377|gb|EE034060.2|EE034060
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|24934516|gb|CA452734.1|CA452734
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
EST: gi|149108741|gb|EE292941.2|EE292941
EST:     AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAG                         ACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT
genomic: AGATTAACGGAGATATTAACTTCAATTGGAAAACGCTATTGGAAAATAAGgtcatgttta ... ttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

accctgaaggaatatcatattgcccaaggtcctaattttttcttcttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGTGCCGGTGTGACAATGATTGAAGGGGCAGGCAGTCTAGTTGATGCTCATA
                             tcctaat  putative branch site (score: 2)
                             tcctaattttttcttc  CT-rich tract
                                taattttttcttctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcatgtttaaatctctaccatgactgtgagcatgttctccgcaactgctgaccctgaaggaatatcatattgcccaaggtcctaattttttcttcttctcttcagACTAAAGAAATTGTTAGATTAAATGGTGTGTATCAGAGGATCCTTACCAGTGCCGGTGTGACAATGATTGAAGGGGCAGGCAGTCTAGTTGATGCTCATA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG