Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgtgtcttcttcatactatgaagtttattggttgtattattcaaacatagcattgatcttaactgtaacttgtggtgcgcaactgccctaaataattgagtaacacagtttcatctgtttatggtcttacagATTATGGGATGCAAATCTTATGCTGAATTTGCTATTCGTCCTAACATGGCCGCGTCAGCCGATGTGGTTATGTCATTTCTTGAAAATTTGAGCAACACTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G450659_T03
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G450659_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os06g47210.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtaatgtgtcttcttcatactatgaagtttattggttgtattattcaaacatagcattgatcttaactgtaacttgtggtgcgcaactgccctaa-ataattgagtaacacagtttcatctgtttatggtcttacagATTATGGGATGCAAATCTTATGCTGAATTTGCTATTCGTCCTAACATGGCCGCGTCAGCCGATGTGGTTATGTCATTTCTTGAAAATTTGAGCAACACTG
                                       |||| | |   |  |         | | | |   |     |   |  ||   | |  | ||   || |      | | ||   | |    | || |||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| || || |  ||||| || |||||||||||  || |||||||   |   |
------------------------------------cacattagtaacttacgggcaaatgactgaatatttttcagtatctactgctattccaggacaagctag-actgttttcttattcttgtccttttttccagACTATGGGATGCAAATCATATGGTGATTTTGCTATTCGTCCTAACATGGCTGCATCTGTAGATGTCGTGATGTCATTTCTCAAAGATTTGAGTGGCGTGG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgcaactgccctaaataattgagtaacacagtttcatctgtttatggtcttacagATTATGGGATGCAAATCTTATGCTGAATTTGCTATTCGTCCTAACATGGCCGCGTCAGCCGATGTGGTTATGTCATTTCTTGAAAATTTGAGCAACACTG
                    gagtaac  putative branch site (score: 2)
           taaataattgagtaa  TA-rich tract