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 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGTTCTACAAGCAGGCAAAGAAGACAAACCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgacactgttttttagatcttaattgttatatggcctgatcatctcgtttcatctgattaaattctcaggaagttttctgttcttttttttccccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G178244_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G178244_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g64650.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
ATGTTCTACAAGCAGGCAAAGAAGACAAACCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGG-TGCTTCAATCATGTTTGCAAGgt-----ggttgacactgttttttagatcttaattgttatatggcctg-atcatctcgtttcatctgattaaattctcaggaagt---tttc------tgt-tcttttttttccccag-------------------
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| | || |||||    | |  || |       | |      |||| |   || || |  ||  | |      |  |   ||| ||   || ||||||| |   |   ||| |   || |   ||||      ||| |   || || || ||                    
ATGTTCTACAAGCAGGCAAAGAAAACAAACCAATGCTGTACTATACTCTGAAGTTTGGACTTTCCTGTCCTTAAGATGAAGACTCCAGgttaattttgcttat-ggacataagaacccactttttctgtatttactagtttcatttaggtccgttcccgtaaaataaatttcaccatatgtatgacttcttaccacacttttttgcccccttttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71760321|gb|DR958258.1|DR958258
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|211043823|gb|FL450886.1|FL450886
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|4827639|gb|AI668331.1|AI668331
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGGTCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAGTCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|40303527|gb|CK347914.1|CK347914
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAGTCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|31351801|gb|CD436158.1|CD436158
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGGTCGATATTGTGCCAATTTACTGTAAGTTATGTCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|148986861|gb|EE030663.2|EE030663
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|13381899|gb|BG458574.1|BG458574
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|29947409|gb|CB816642.1|CB816642
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATAATTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|32831700|gb|CD971378.1|CD971378
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|149005487|gb|EE040045.2|EE040045
EST:     CCAATGGTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCC
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCC
EST: gi|60351214|gb|DN218187.1|DN218187
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|148974489|gb|EE025272.2|EE025272
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|94478008|gb|EB706966.1|EB706966
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|211218979|gb|FL468672.1|FL468672
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGGTCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAGTCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|83279031|gb|DV943039.1|DV943039
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|28982361|gb|BQ538108.2|BQ538108
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|78109501|gb|DV527917.1|DV527917
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|78027635|gb|DV496022.1|DV496022
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGGTCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAGTCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|5791268|gb|AI978060.1|AI978060
EST:     CCAATGTTGCCCAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAACCGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAGTCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|211369239|gb|FK956903.1|FK956903
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGGTCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAGTCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|76933701|gb|DV173556.1|DV173556
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTAC
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTAC
EST: gi|32829971|gb|CD969649.1|CD969649
EST:     CCAATG-TGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACTAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|32831608|gb|CD971286.1|CD971286
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|76933699|gb|DV173555.1|DV173555
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|91054889|gb|EB165307.1|EB165307
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|148974488|gb|EE025271.2|EE025271
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|211369240|gb|FK956904.1|FK956904
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGGTCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAGTCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|60351615|gb|DN218588.1|DN218588
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGGTCGATATTGTGCCAATTTTACTGTAAGTTA
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTT-ACTGTAAGTTA
EST: gi|16916951|gb|BM073059.1|BM073059
EST:     CCAATGTTGCCCAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|60397788|gb|DN230604.1|DN230604
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGGTCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAGTCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|60394084|gb|DN226954.1|DN226954
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|148999174|gb|EE036091.2|EE036091
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|32830354|gb|CD970032.1|CD970032
EST:     CAANTG-TGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CAA-TGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|71439602|gb|DR820652.1|DR820652
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|149081182|gb|EE170291.2|EE170291
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTTAATCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|45567196|gb|CK985452.1|CK985452
EST:     CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAGTCGCCCAT
genomic: CCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
EST: gi|148999175|gb|EE036092.2|EE036092
EST:     CAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTNCA-TCATGTTTGCAAG                         AAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT
genomic: CAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTT-CAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 119

ATGTTCTACAAGCAGGCAAAGAAGACAAACCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCATGAAGCGTGGACACGCGGTTGCAAGGCTCGAGCTCAGTGCTGTTGGTCTC


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 257

ATGTTCTACAAGCAGGCAAAGAAGACAAACCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCATGAAGCGTGGACACGCGGTTGCAAGGCTCGAGCTCAGTGCTGTTGGTCTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 271

ATGTTCTACAAGCAGGCAAAGAAGACAAACCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCATGAAGCGTGGACACGCGGTTGCAAGGCTCGAGCTCAGTGCTGTTGGTCTC


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 151

ATGTTCTACAAGCAGGCAAAGAAGACAAACCAATGTTGCACAATACTTTAAACTTTGGTGCTTCAATCATGTTTGCAAGgtggttgaca ... ttttccccagAAACAAAAACGATCGATATTGTGCTAATTTACTGTAAGTTAAATCGCCCATGAAGCGTGGACACGCGGTTGCAAGGCTCGAGCTCAGTGCTGTTGGTCTC