Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taccgttccagtttggacaaagtgtgtgcttaattgtgataattattaagcaatgctggactgttatttagtgatgtgctatgagtttcatgcggtgcagGTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGACGATATTTACATTAGGCCCCTGGGTAACGTGATATACCTCATGTGCGGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G102156_T02
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78022798|gb|DV491185.1|DV491185
EST:     TTAGGAACTCTGTGTGCAATTGAGCTCAAGGCTGAGGGAGCTGATGCTGG                         GTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGA
genomic: TTAGGAACTCTGTGTGCAATTGAGCTCAAGGCTGAGGGAGCTGATGCTGGgtatgttact ... tgcggtgcagGTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGA
EST: gi|89754433|gb|DY685214.1|DY685214
EST:     TTAGGAACTCTGTGTGCAATTGAGCTCAAGGCTGAGGGAGCTGATGCTGG                         GTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGA
genomic: TTAGGAACTCTGTGTGCAATTGAGCTCAAGGCTGAGGGAGCTGATGCTGGgtatgttact ... tgcggtgcagGTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGA
EST: gi|67015675|gb|CO444424.1|CO444424
EST:     TTAGGAACTCTGTGTGCAATTGAGCTCAAGGCTGAGGGAGCTGATGCTGG                         GTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGA
genomic: TTAGGAACTCTGTGTGCAATTGAGCTCAAGGCTGAGGGAGCTGATGCTGGgtatgttact ... tgcggtgcagGTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGA
EST: gi|148928469|gb|EE285275.2|EE285275
EST:     TTAGGAACTCTGTGTGCAATTGAGCTCAAGGCTGAGGGAGCTGATGCTGG                         GTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGA
genomic: TTAGGAACTCTGTGTGCAATTGAGCTCAAGGCTGAGGGAGCTGATGCTGGgtatgttact ... tgcggtgcagGTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGA
EST: gi|5757240|gb|AI964527.1|AI964527
EST:     TTAGGAACTCTGTGTGCAATTGAGCTCAAGGCTGAGGGAGCTGATGCTGG                         GTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGA
genomic: TTAGGAACTCTGTGTGCAATTGAGCTCAAGGCTGAGGGAGCTGATGCTGGgtatgttact ... tgcggtgcagGTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGA
EST: gi|94477471|gb|EB706429.1|EB706429
EST:     TTAGGAACTCTGTGTGCAATTGAGCTCAAGGCTGAGGGAGCTGATGCTGG                         GTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGA
genomic: TTAGGAACTCTGTGTGCAATTGAGCTCAAGGCTGAGGGAGCTGATGCTGGgtatgttact ... tgcggtgcagGTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaagcaatgctggactgttatttagtgatgtgctatgagtttcatgcggtgcagGTACGCTTCACTCTACGCAAGTTCCTTGGTGCAACAGCTCCGTAAAGAGGACGATATTTACATTAGGCCCCTGGGTAACGTGATATACCTCATGTGCGGT
                tgttattta  TA-rich tract