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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTCCACCGGTCAAACTAGGAGAAGCAAGCAAAGCTCCCCGCCATTAGTAGAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAGgtgagcgctggatgaacctctgctcggctttctgcgttgcgctaatcgattgctggatggtcgccagtctgatttgatgaaacagaagttggggaaattg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G074024_T02
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211081940|gb|FL387342.1|FL387342
EST:     GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAG                         GGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
genomic: GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAGgtgagcgctg ... aatcaaccagGGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
EST: gi|91872846|gb|EB402803.1|EB402803
EST:     GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAG                         GGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
genomic: GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAGgtgagcgctg ... aatcaaccagGGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
EST: gi|71420798|gb|DR805186.1|DR805186
EST:     GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAG                         GGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
genomic: GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAGgtgagcgctg ... aatcaaccagGGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
EST: gi|211305390|gb|FL411424.1|FL411424
EST:     GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAG                         GGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
genomic: GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAGgtgagcgctg ... aatcaaccagGGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
EST: gi|211129102|gb|FL371420.1|FL371420
EST:     GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAG                         GGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
genomic: GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAGgtgagcgctg ... aatcaaccagGGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
EST: gi|211432003|gb|FL420683.1|FL420683
EST:     GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAG                         GGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
genomic: GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAGgtgagcgctg ... aatcaaccagGGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
EST: gi|29543619|gb|CB603999.1|CB603999
EST:     CCTTCTCTCCAG                         GGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
genomic: CCTTCTCTCCAGgtgagcgctg ... aatcaaccagGGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
EST: gi|211158187|gb|FL395436.1|FL395436
EST:     GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAG                         GGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
genomic: GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAGgtgagcgctg ... aatcaaccagGGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
EST: gi|78112813|gb|DV531207.1|DV531207
EST:     GTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAG                         GGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
genomic: GTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAGgtgagcgctg ... aatcaaccagGGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
EST: gi|211019672|gb|FL390358.1|FL390358
EST:     GAATCCGCCCAAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAG                         GGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
genomic: GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAGgtgagcgctg ... aatcaaccagGGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
EST: gi|211204474|gb|FL397884.1|FL397884
EST:     GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAG                         GGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
genomic: GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAGgtgagcgctg ... aatcaaccagGGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
EST: gi|76930470|gb|DV172399.1|DV172399
EST:     GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAG                         GGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC
genomic: GAATCCGCCCGAAGTCTGCCCCGCTCTTCGGCCTCGTCCCTTCTCTCCAGgtgagcgctg ... aatcaaccagGGCCATGGATGTAGATGATGTGCTCAGTAACTTGCGTGTTGTTGGTGTGCC