Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGAAGTCTGCCATTAAATGCCACACCACAACAATTAGAGGAAGAGTTCAAGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgcttttcttcacatttttctaaaaaaactaagagccttcagtgagtctaactctctaatttgtctttgcgtttctgttgaatcaacacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G069174_T04
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|93017315|gb|EB642835.1|EB642835
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|32837285|gb|CD976963.1|CD976963
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|50329789|gb|CO524915.1|CO524915
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|71756547|gb|DR954484.1|DR954484
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|89247221|gb|DY619007.1|DY619007
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|149015207|gb|EE044991.2|EE044991
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|76014651|gb|DT941821.1|DT941821
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|93283657|gb|EB675921.1|EB675921
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|78080542|gb|DV508954.1|DV508954
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|71429865|gb|DR810915.1|DR810915
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|86472990|gb|DY239360.1|DY239360
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|88747131|gb|DY531272.1|DY531272
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|89251527|gb|DY623313.1|DY623313
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|148977171|gb|EE026014.2|EE026014
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|84970145|gb|DW468495.1|DW468495
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|76015058|gb|DT942228.1|DT942228
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|91872802|gb|EB402759.1|EB402759
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|78089991|gb|DV518365.1|DV518365
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|76925262|gb|DV170349.1|DV170349
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|71763868|gb|DR961805.1|DR961805
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|78108923|gb|DV527340.1|DV527340
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|71762173|gb|DR960110.1|DR960110
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|76287741|gb|DV027309.1|DV027309
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|37425821|gb|CF650659.1|CF650659
EST:     CATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGACTTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: CATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|50324319|gb|CO519445.1|CO519445
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|78109548|gb|DV527964.1|DV527964
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|33092963|gb|CF052957.1|CF052957
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|93282342|gb|EB674606.1|EB674606
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|78092220|gb|DV520594.1|DV520594
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|33467080|gb|CF244129.1|CF244129
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|94479305|gb|EB708263.1|EB708263
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGGCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|149013312|gb|EE042897.2|EE042897
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|50332319|gb|CO527445.1|CO527445
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|71758124|gb|DR956061.1|DR956061
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|38687433|gb|CK144464.1|CK144464
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|71763726|gb|DR961663.1|DR961663
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|149089359|gb|EE178597.2|EE178597
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|93284250|gb|EB676514.1|EB676514
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|149097086|gb|EE182893.2|EE182893
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|149090691|gb|EE180018.2|EE180018
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|71299812|gb|DR785918.1|DR785918
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|101386772|gb|EB815403.1|EB815403
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|32838206|gb|CD977884.1|CD977884
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|89249460|gb|DY621246.1|DY621246
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|149001129|gb|EE038389.2|EE038389
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|32839224|gb|CD978905.1|CD978905
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|50337376|gb|CO532502.1|CO532502
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|71308293|gb|DR790381.1|DR790381
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|71760109|gb|DR958046.1|DR958046
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|32838606|gb|CD978284.1|CD978284
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|32838442|gb|CD978120.1|CD978120
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|71774454|gb|DR972332.1|DR972332
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|74246261|gb|DT654175.1|DT654175
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|148949615|gb|EC895086.2|EC895086
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|148949612|gb|EC895083.2|EC895083
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|93282822|gb|EB675086.1|EB675086
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|88757281|gb|DY541422.1|DY541422
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|91869562|gb|EB400438.1|EB400438
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
EST: gi|71310292|gb|DR791438.1|DR791438
EST:     AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAG                         ATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT
genomic: AGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgctt ... atcaacacagATCCAAGGGTTTTGCTATGGCTTTGTAGAATTTGAGGATGCCAGTGCAGTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCGAAGTCTGCCATTAAATGCCACACCACAACAATTAGAGGAAGAGTTCAAGAGATTTGGAACCATTAAACATGAAGGCATCCAAGTTAGAAGCAACAAGgtgcatgcttttcttcacatttttctaaaaaaactaagagccttcagtgagtctaactctctaatttgtctttgcgtttctgttgaatcaacacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA