Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACCAAAATGACTACAAGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgttttaaatattacatatgttgcagcatttcatttgttttaaatttaaaacaatagctcaaccttgtaatcctctttgcaatatttaatatttttttattctgtcattgacacttggcatttgctttttcgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G067067_T05
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211115155|gb|FL480213.1|FL480213
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
EST: gi|60340050|gb|DN207023.1|DN207023
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
EST: gi|83278971|gb|DV942979.1|DV942979
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
EST: gi|211184107|gb|FL465368.1|FL465368
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCATACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
EST: gi|13126278|gb|BG316848.1|BG316848
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
EST: gi|6827963|gb|AW331606.1|AW331606
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
EST: gi|6342613|gb|AW165437.1|AW165437
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
EST: gi|12973745|gb|BG268634.1|BG268634
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTNNNNNNNNNCATGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTT
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCA-CTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTT
EST: gi|13126322|gb|BG316892.1|BG316892
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTTTG
EST: gi|211243850|gb|FL440907.1|FL440907
EST:     TGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGGTTTCTGTAATNGAG                         ATAAACTTCCCNATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTT
genomic: TGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGC-GG-TTCTGTAAT-GAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCC-ATCACTTGACAATTATGATTCAGACCTTGCTTGGCCTT
EST: gi|32864042|gb|CF003724.1|CF003724
EST:     AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAG                         ATAAACTTCCCATCACTTGAC
genomic: AGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgtttt ... tttttcgcagATAAACTTCCCATCACTTGAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TACCAAAATGACTACAAGGTGATAAACATGGATCAGTGGATGGGATTTATGCGGTTCTGTAATGAGgtcatgttttaaatattacatatgttgcagcatttcatttgttttaaatttaaaacaatagctcaaccttgtaatcctctttgcaatatttaatatttttttattctgtcattgacacttggcatttgctttttcgcag

- - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA