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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGTGCATATTCTACAACACGAAGTGTAGCTGTATCTCGAGTTTTTCTCCGTTTCCTCTGGTTTAGTGTTGCTTCAGTCTTCATATGCTTCCTTTATGTgtatgtctcctgataccctgttgaattttctcctgtaaattatattctttcttgatgcttttgtttgtcaccttctgtactttttatttgctgatttggctgtgcatgctctaatctcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g01200.t01
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0004g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
lower sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
ATGGTGCATATTCTACAACACGAAGTGTAGCTGTATCTCGAGTTTTTCTCCGTTTCCTCTGGTTTAGTGTTGCTTCAGTCTTCATATGCTTCCTTTATGTgtatgtctcctgataccctgttgaattttctcctgtaaattatattctttcttgatgcttttgtttgtcaccttctgtactttttatttgc-tgatttggctgtgcatgctctaatctcag-------------
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ATGGTGCATATTCAACAACAAGACGCTTAGCTGTCTCTCGAATTTTTTTACGTTTTCTTTGGTTTAGCCTTGCTTCAGTTTTCATAACTTTCCTTTATGTgtatgtatgccttcagttataataattttgttctt---atgttctcacatattcatccttttatctatttgttttgattttttttattcgtgtgaagtgattttacatttccagatgtttgtgcatgactgcag

upper sequence: Vv06s0004g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
lower sequence: GLYMA10G44150.2 (Glycine max), 5'ss of exon 15
ATGGTGCATATTCTACAACACGAAGTGTAGCTGTATCTCGAGTTTTTCTCCGTTTCCTCTGGTTTAGTGTTGCTTCAGTCTTCATATGCTTCCTTTATGTgtatgtct-cctgataccctgttgaattttctcctgtaaattatattctttcttgatgcttttgtttgtcaccttctgtactttttatttgc-tgatttggctgtgcatgctctaatctcag
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ATGGTGCATATTCAACAACAAGACGCTCAGCTGTCTCTCGAATTTTTTTACGTTTTCTTTGGTTCAGCCTTGCTTCAGTTTTCATAACTTTCCTTTATGTgtatgtatgccttctgttataataattttgttcttatgt----tctctcatcctcatccttttatctatt-tgttttgatttttttatttgtgtgaag------------------------

upper sequence: Vv06s0004g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
lower sequence: AT3G07160.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 15
ATGGTGCATATTCTACAACACGAAGTGTAGCTGTATCTCGAGTTTTTCTCCGTTTCCTCTGGTTTAGTGTTGCTTCAGTCTTCATATGCTTCCTTTATGTgtatgtctcctgataccctgttgaattttctcctg--taaattatattctttcttgatgcttttgttt----gtcaccttctgtact-ttttatttgctgatttggctgtgcatgctctaatctcag
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ACGGTGCCTATTCTACAACAAGACGTCTGGCTGTTTCTCGCATTTTTCTTCGTTTCATTTGGTTTGGCCTTGCTTCCGTCTTCATCTCTTTCCTCTATGTgtatgt-taatattcttttcttgtaccttcttcagctttcattttgcatttgctattttccttaatcttggcatagcttttggcattactttgtttgatagtttttttgtgtgtgcag---------