Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAACTGTGCCTGTCAGAACTGTGAACAGGCAATGTTCATCTGGTCTTCAGGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgtacatattttaccgaggagtcccatacttctatatgtgaacaaaatacattaaagtttaatatcttcctgtttag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0051g00720.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g57260.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
AAACTGTGCCTGTCAGAACTGTGAACAGGCAATGTTCATCTGGTCTTCAGGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaa--gaatg--tacatattttaccgaggagtcccatact---tcta-tatgtgaacaaaatacattaaagt-ttaatatcttcctgtttag---------
|||  || ||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||  | |||||||| |||||||| || || || |||||||||||||| || ||||| |||||   | |   |||   || ||   |  |     || ||   |||  ||  ||        |  | || ||  |||| | |   | |  |          
AAAACGTTCCTGTTAGAACTGTCAACCGGCAATGTTCCTCTGGATTACAGGCAGTGGCTGATGTTGCCGCGGCCATTAAAGCTGGGTTCTACGACATAGgtaattaactagttactcgttctagacaatatggttatgctaactctgctacatggttgcttcatttaaaggtgctaatttgtctttttccatcaaaaacag

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G848768_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
AAACTGTGCCTGTCAGAACTGTGAACAGGCAATGTTCATCTGGTCTTCAGGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgtacatattttaccgaggagtcccatacttctatatgtgaacaaaatacattaaagtttaatatcttcctgtttag
|||| || ||||| |||||||| ||| | || ||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| || || ||||| |  |||||||| ||||   |    |  | | |||     | |  |                                                    
AAACCGTCCCTGTTAGAACTGTCAACCGCCAGTGttcatctgggctacaggcagtagctgatgtcgcagctgctataaaggctggttactatgacataggtacttagtatctgaatatacatgctactttcgct-------------------------------------------------

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G848768_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
AAACTGTGCCTGTCAGAACTGTGAACAGGCAATGTTCATCTGGTCTTCAGGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgtacatattttaccgaggagtcccatacttctatatgtgaacaaaatacattaaagtttaatatcttcctgtttag
|||| || ||||| |||||||| ||| | || ||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| || || ||||| |  |||||||| ||||   |    |  | | |||     | |  |   ||  | |   | |          | ||    |  | ||   ||    ||
AAACCGTCCCTGTTAGAACTGTCAACCGCCAGTGTTCATCTGGGCTACAGGCAGTAGCTGATGTCGCAGCTGCTATAAAGGCTGGTTACTATGACATAGgtacttagtatctgaatatacatgctactttcg--ctcttgtgctttagtttggctgctgaatcgctgctctccctctaaacag

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA20G18980.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
AAACTGTGCCTGTCAGAACTGTGAACAGGCAATGTTCATCTGGTCTTCAGGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaa-gaatgtacatattttaccgaggagtcccatactt-ctata--tgtgaacaaaatacattaaagtttaatatcttcctgtttag
||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |  |||||||| |||||||||||||| | |||     | ||          ||   |  || ||||   | | |  |   ||  |||   || | ||| ||   ||||||
AAACTGTGCCTGTTAGGACTGTTAATAGGCAATGTTCATCTGGGCTCCAGGCTGTTGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTGgtaatggatgcctcaaattgcttttttcttcttgtgattgctatgacttttagtatcttatgttacctttaattatttt---gtttag

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA10G24590.3 (Glycine max), 5'ss of exon 5
AAACTGTGCCTGTCAGAACTGTGAACAGGCAATGTTCATCTGGTCTTCAGGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaa-gaatgtacatattttaccgaggagtcccatacttctatatg-tgaacaaaatacattaaagtttaatatcttcctgtttag
||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| || |  |||||||| |||||||||||||| | ||| |   |  || | |     | |      |  |||||      |  ||    |   |  |   ||  |  |||||||
AAACTGTGCCTGTTAGGACCGTTAATAGGCAATGTTCATCTGGGCTCCAGGCTGTCGCTGATGTAGCTGCTGCTATAAGGGCTGGGTTCTATGACATTGgtaaaggatgcat-caaattgctgttttcttcttgtgattgatatgacttttagtatcttatgttgcctttaattattttgtttag

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT1G04710.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
AAACTGTGCCTGTCAGAACTGTGAACAGGCAATGTTCATCTGGTCTTCAGGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgtacatattttaccgaggagtcccatacttctatatgtgaacaaaatacattaaagtttaatatcttcctgtttag
||||||| ||  ||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||  |||  ||| ||     ||   |  | | |    ||| |   ||  |   ||| |  |  |||  | |    |  ||
AAACTGTTCCCATCAGAACCGTGAACAGACAGTGTTCATCTGGGCTTCAGGCTGTTGCTGATGTTGCCGCTGCCATAAAAGCTGGTTTTTATGACATTGgtaagatagtaactatcttt----ggttacataaattgtcttatcttggcatgaagaattgagctgaaattacgttgaatacag

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT2G33150.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
AAACTGTGCCTGTCAGAACTGTGAACAGGCAATGTTCATCTGGTCTTCAGGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaag--aatgtacatattttaccgaggagtcccatacttctatatgtgaacaaaatacattaaagtttaatatcttcctgtttag
|||| ||| |||||||||||||||| || || || |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||  |||   | | ||| ||   |    | |||  ||  |||    | | |  |      | | |  ||              
AAACCGTGGCTGTCAGAACTGTGAATAGACAGTGCTCATCTGGGCTTCAGGCTGTTGCTGATGTAGCCGCTGCCATTAAAGCGGGATTTTATGACATTGgttagtgaataaccgtctttaactacg---ccacattttttcatagagaaccgagctgacgatatgatggatgcag----------

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: EFJ35624 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 5
AAACTGTGCCTGTCAGAACTGTGAACAGGCAATGTTCATCTGGTCTTCAGGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgtacatattttaccgaggagtcccatacttctatatgtgaacaaaatacattaaagtttaatatcttcctgtttag
|||||||||||||  | || ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||| |  ||||| || || || || || ||||| |||||| ||   | |  ||||  ||| | |  || | || |   | | ||   ||                                 
AAACTGTGCCTGTTCGTACCGTGAACAGGCAATGTTCTTCTGGCCTCCAAGCAGTAGCTGATGTTGTGGCTGCTATCAAGGCCGGATTCTATGATATTGgtgagtcagaat-tattacacccacggttcgctta-tgaaaaacgtattcag--------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34549360|gb|CF517592.1|CF517592
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGTTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|110718623|gb|EE095664.1|EE095664
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|27585487|gb|CB008182.1|CB008182
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|110711203|gb|EE087460.1|EE087460
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|110718621|gb|EE095662.1|EE095662
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|71861527|gb|DT010582.1|DT010582
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|71860333|gb|DT009388.1|DT009388
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|161709217|gb|FC060523.1|FC060523
EST:     AGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: AGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|27582620|gb|CB005315.1|CB005315
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|161714929|gb|FC062707.1|FC062707
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|161712660|gb|FC062232.1|FC062232
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|71854763|gb|DT003818.1|DT003818
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|71865094|gb|DT014149.1|DT014149
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|110712560|gb|EE090321.1|EE090321
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGAGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|161713057|gb|FC062138.1|FC062138
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|161718392|gb|FC067286.1|FC067286
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|161719091|gb|FC065411.1|FC065411
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|161719599|gb|FC067979.1|FC067979
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|110718357|gb|EE095094.1|EE095094
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|71860350|gb|DT009405.1|DT009405
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|71864464|gb|DT013519.1|DT013519
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|71859322|gb|DT008377.1|DT008377
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|18458165|gb|BM436443.1|BM436443
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|71861363|gb|DT010418.1|DT010418
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|110724007|gb|EE099460.1|EE099460
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|110719453|gb|EE094592.1|EE094592
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|71862420|gb|DT011475.1|DT011475
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCA
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCA
EST: gi|71861756|gb|DT010811.1|DT010811
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGC
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGC
EST: gi|110720013|gb|EE095623.1|EE095623
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGGCATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|33407958|gb|CF213585.1|CF213585
EST:     TGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: TGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|71859597|gb|DT008652.1|DT008652
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|110712793|gb|EE088151.1|EE088151
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|71863451|gb|DT012506.1|DT012506
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGNGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|156739147|gb|EV243268.1|EV243268
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|27582126|gb|CB004821.1|CB004821
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
EST: gi|71862751|gb|DT011806.1|DT011806
EST:     GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTG                         GCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG
genomic: GGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgt ... tcctgtttagGCATTGGGGCAGGGTTGGAATCCATGACAGCAAATCCAATGGCTTGGGAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAACTGTGCCTGTCAGAACTGTGAACAGGCAATGTTCATCTGGTCTTCAGGCAGTTGCTGATGTAGCTGCTGCAATTAAAGCTGGGTTTTATGACATTGgtaagaatgtacatattttaccgaggagtcccatacttctatatgtgaacaaaatacattaaagtttaatatcttcctgtttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG