Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAATTCTAGCCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTCCTCATGAAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaatccttagatgtatatgtacatatttatgaatttaggtaaatgcctctggtgtctttagcttatatggatatggtttatactcttggtataa...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0051g00720.t01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os02g57260.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GGAATTCTAGCCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTCCTCATGAAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaatccttagatgtatatgtacatatttatgaatttaggtaaatgcctctggtgtctttagcttatatg-gatatggtttatactcttgg-tataa
| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||    || || |||   || ||  | |||||||||||||| |||||||     | |    |  |   | | || | |    |   || ||     |  |    ||  ||  |   | |||| ||||     | || ||     |||||
GCAACTCTAGTCAAGTGAGCGATGGTGCTGGAGCTGTTCTTCTCATGAGGAGGGACGTAGCGATGAAGAAGGGACTTCCTATTCTTGGTGTTTTCAGgtgctgcattttgcatttccttgtatatacagcatttggttcagtct--taacatgtgttcctgaatgctgtatgagatactccctctattccaaaatataa

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM5G848768_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 10
GGAATTCTAGCCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTCCTCATGAAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat---ccttagatgtatatgtacatatttatgaatttaggtaaatgcctctggtgtctttagctta---tatggatatggtttatact-cttggtataa--------
| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||| ||  ||   |||||| | || ||||||||||| |||||||     |||   || ||  |  ||  || ||  ||  ||  | | | |  |||  || |     ||| ||| |     | | ||   || |  || ||||||||          
GCAATTCCAGTCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTTCTCATGAAAAGATCTGTGGCTCTGAAGAAAGGGCTGCCCATTCTTGGTGTTTTCAGgttgcccaatctgccctatcttgattagtccacgtt-gtgtttgtcg-tcgatgt-tcagacacattttgctcaattccttgttacatttaacgctgcttggtatcgtctattag

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G152442_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GGAATTCTAGCCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTCCTCATGAAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat---ccttagatgtatatgtacatatttatgaatttaggtaaatgcctctggtgtctttagctta---tatggatatggtttatact-cttggtataa--------
| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||| ||  |    |||||| | || ||||||||||| |||||||     |||   || ||     ||  || ||  ||  ||  | | |   | |   || |     ||| ||| |     |   ||   || |  || ||||| ||          
GCAATTCCAGTCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTTCTCATGAAAAGATCTGTGGCTCTTAAGAAAGGGCTGCCCATTCTTGGTGTTTTCAGgttgcccaatctgccctatcatgattagtccacgtt-gtgtttgtcgtcgatt--ttcagacacattttgctcaattcctttttacatttaacgctgcttggcatcgtatattag

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA20G18980.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
GGAATTCTAGCCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTCCTCATGAAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaatccttagatgtatatgtacatatttatgaatttaggtaaatgcctctggtgtctttagcttatatggatatggtttatactcttggtataa--
| |||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| || ||||| |||||||||||  |||  || ||| |||| ||||||||||||||||||||  | | |  |   || || | |      |   ||    ||  || ||||   |      || |  |  | ||       |  | |      | |  |  
GTAATTCTAGTCAGGTGAGTGATGGTGCTGCAGCTGTTCTGCTGATGAAAAGAAGTGTTGCGTTGCAAAAGGGGCTACCCATTCTTGGTGTATTCAGgtacttcatttgt--aatatagaggctttagtccctggcagtatttatatgctgattccaaattgacatgctgtgtgctctatgaagaaatgaaggaccaat

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA10G24590.3 (Glycine max), 5'ss of exon 10
GGAATTCTAGCCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTCCTCATGAAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaatccttagatgtatatgtacatatttatgaatttaggtaaatgcctctggtgtctttagcttatatggatatggtttatactcttggtataa---------
| ||||||||||| ||||  ||||| |||  ||||||||| || ||||| |||||||||||| |||  || ||| |||| ||||||||||||||||||||  ||   | | | ||||| || || |   ||  |    |||    ||     |  | |  | |   || || || ||| | | | ||||  | | ||         
GTAATTCTAGCCAGGTGACCGATGGGGCTTCAGCTGTTCTGCTGATGAAAAGAAGTGTTGCATTGCAAAAGGGGCTACCCATTCTTGGTGTATTCAGgtactta---cttcatatgta-atatagaggctttagttcctagcagtat-----taatatgctgattctaaattgacatgctgtgtgctctatgaagaaaggaaggac

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: AT2G33150.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
GGAATTCTAGCCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTCCTCATGAAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgta---tataaatccttagatgtata----tgtacatatttatgaatttaggtaaatgcc---tctggtgtctttagcttatatggatatggtt-tatactcttggtataa--------------------------------------------------------
| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||  | ||  ||||||||||||||||||     |||| | |||| |    ||    |||  |  | |   ||   |   || |||     || |||  ||    ||| |  |||||| |  |||||       |||                                                         
GAAATTCCAGCCAAGTAAGTGATGGTGCAGGAGCGGTTCTCCTAATGAAGAGAAGTGTTGCAATGCAAAAAGGACTTCCCGTTCTTGGTGTATTCAGgtgggtaataattacttacaaagctacgactgtggaagtctgaaaaccgaaaaaactgcagaggcttgtgatttccatttacacagatatgctagtatacgtggaaaatacattgttctttctgtatttggctttttctaagtagcacactattggacatattgcag

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: AT1G04710.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
GGAATTCTAGCCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTCCTCATGAAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaatccttagatgtatatgtacatatttatgaatttaggtaaatgcctctggtgtctttagcttatatggatatggtttatactcttggtataa
|||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||||||  |||||  | || |||||||||||||||||||       |   ||| || |||  |  |||||   ||  ||   |   | | | | ||  |   |||     |||| |   |  |              
GGAATTCTAGCCAATTAAGTGACGGTGCTGGAGCTGTTCTCCTTATGAGGAGAAATGTCGCAATGCAGAAAGGCCTTCCCATTCTTGGTGTATTCAGgtgggc---ttgatagttg-atac-tctatatt---gacctttctttgcttcatttagtaac---agcactcttggacacattacag-------------

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: EFJ09160 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 9
---GGAATTCTAGCCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTCCTCATGAAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaatccttagatgtatatgtacatatttatgaatttaggtaaatgcctctggtgtctttagcttatatggatatggtttatactcttggtataa
   | ||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||  |     ||  | ||  | || || | ||||||||     | |  ||   | |   || |  |  |||| |||  |  | |||       |                                          
CGGGCAATTCGAGCCAAGTTAGCGATGGTGCTGGAGCCGTTCTCCTGATGAAGAGAAGCTGTGCAAGTCAGCGTGGCCTGCCAGTCCTGGGAGCATTCAGgtg----agtgttt---tttgcttgaatttgattatcaatcaaattcaatcttgacag------------------------------------------

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: EFJ07201 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 9
---GGAATTCTAGCCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTCCTCATGAAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaatccttagatgtatatgtacatatttatgaatttaggtaaatgcctctggtgtctttagcttatatggatatggtttatactcttggtataa
   | ||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||  |     ||  | ||  | || || | ||||||||   |   |  ||   || || || |   |||   ||  |||  | |||       |                                          
CGGGCAATTCGAGCCAAGTTAGCGATGGTGCTGGAGCCGTTCTCCTGATGAAGAGAAGCTGTGCAACTCAGCGTGGCCTGCCAGTCCTGGGAGCATTCAGgtgagtgt-tttttgcttgaatttg-attgattgtggagctta--tcaatcttgacag------------------------------------------

upper sequence: Vv05s0051g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
lower sequence: EFJ24355 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 10
GGAATTCTAGCCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTCCTCATGAAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaatccttagatgtatatgtacatatttatgaatttaggtaaatgcctctggtgtctttagcttatatggatatggtttatactcttggtataa
| || ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| || || |    |||  |||| ||||| || || ||||||| |    ||| ||  |  || | | |  |    || | ||||     |||   | |                                           
GAAACTCTAGCCAAGTCAGTGATGGTGCGGGTGCTGTTCTACTTATGAAAAGAAGTGTGGCTATTCAACGAGGACTACCAATTCTCGGGGTGTTCAGgtgtt--gatcgtttaaactacaagaatctgggaatcactttaaac--atggtgcag-------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22013086|gb|BQ798120.1|BQ798120
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|352790600|gb|FQ475358.1|FQ475358
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110718623|gb|EE095664.1|EE095664
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGGTC-AG
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGG-TCCAG
EST: gi|352781405|gb|FQ468249.1|FQ468249
EST:     GAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCGGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: GAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|37189925|gb|CF609274.1|CF609274
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGCTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCTGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110718621|gb|EE095662.1|EE095662
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAN                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|27582620|gb|CB005315.1|CB005315
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110695748|gb|EE074117.1|EE074117
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110717265|gb|EE092969.1|EE092969
EST:     TGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: TGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|30324476|gb|CD007738.1|CD007738
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110370828|gb|EC934376.1|EC934376
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|27585483|gb|CB008178.1|CB008178
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|352778113|gb|FQ467166.1|FQ467166
EST:     TGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCGGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: TGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|83276233|gb|DV940241.1|DV940241
EST:     AGAGAAGTG-TGCAATGCGTAAAGGG-TANCCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTA-CCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|34548699|gb|CF516931.1|CF516931
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|352781999|gb|FQ469297.1|FQ469297
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|352772467|gb|FQ469992.1|FQ469992
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|27585593|gb|CB008288.1|CB008288
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110726811|gb|EE102917.1|EE102917
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110718357|gb|EE095094.1|EE095094
EST:     AGAAGA-GTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCAAGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AGA-GAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110716900|gb|EE092296.1|EE092296
EST:     GTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: GTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|30325609|gb|CD008871.1|CD008871
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|32245126|gb|CD710945.1|CD710945
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110383687|gb|EC948074.1|EC948074
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|32270335|gb|CD719494.1|CD719494
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|352794574|gb|FQ475072.1|FQ475072
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTGTTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCGGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|27586056|gb|CB008751.1|CB008751
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|32267658|gb|CD716621.1|CD716621
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|30302300|gb|CB979094.1|CB979094
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110719453|gb|EE094592.1|EE094592
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAAGGTTACCTATTCTTGGTGTAATCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTAATGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|34548784|gb|CF517016.1|CF517016
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110398143|gb|EC964291.1|EC964291
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110388743|gb|EC953525.1|EC953525
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|33407958|gb|CF213585.1|CF213585
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110417251|gb|EC983290.1|EC983290
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
EST: gi|110379190|gb|EC944369.1|EC944369
EST:     AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAG                         GACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC
genomic: AAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaat ... actcatgtagGACCTTTGCTGCTGTTGGTGTGGATCCTGCCGTCATGGGTATTGGTCCAGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGAATTCTAGCCAAGTGAGTGATGGTGCTGGAGCTGTTCTCCTCATGAAGAGAAGTGTTGCAATGCGTAAAGGGTTACCTATTCTTGGTGTATTCAGgtatataaatccttagatgtatatgtacatatttatgaatttaggtaaatgcctctggtgtctttagcttatatggatatggtttatactcttggtataa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aggtaaa