Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgaagtgtagaaggtacggcgcttatttgacaaatattcatgaataatttacaagttcgtgtctaactacggacgtttcaatttttgcagTGGTATCACCCTCACCAAATTTGCAGGAGTCTTGGTGCTGTATTTTTCGCAGTCTGAGATTTTTGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S96_146V6.2
intron # 35
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162271359|gb|FC446932.1|FC446932
EST:     CAAGACAGAGCAAGCAAGGCTCTTGTCATCATGGGAGCTTCAGTCTTCAG                         TGGTATCACCCTCACCAAATTTGCAGGAGTCTTGGTGCTGTATTTTTCGCA
genomic: CAAGACAGAGCAAGCAAGGCTCTTGTCATCATGGGAGCTTCAGTCTTCAGgtacgaagtg ... atttttgcagTGGTATCACCCTCACCAAATTTGCAGGAGTCTTGGTGCTGTATTTTTCGCA
EST: gi|162271360|gb|FC446933.1|FC446933
EST:     CAAGACAGAGCAAGCAAGGCTCTTGTCATCATGGGAGCTTCAGTCTTCAG                         TGGTATCACCCTCACCAAATTTGCAGGAGTCTTGGTGCTGTATTTTTCGCA
genomic: CAAGACAGAGCAAGCAAGGCTCTTGTCATCATGGGAGCTTCAGTCTTCAGgtacgaagtg ... atttttgcagTGGTATCACCCTCACCAAATTTGCAGGAGTCTTGGTGCTGTATTTTTCGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attcatgaataatttacaagttcgtgtctaactacggacgtttcaatttttgcagTGGTATCACCCTCACCAAATTTGCAGGAGTCTTGGTGCTGTATTTTTCGCAGTCTGAGATTTTTGAG
                         gtctaac  putative branch site (score: 2)
                                              tttttgc  putative PPT
       aataatttacaagtt  TA-rich tract