Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcttgaaattcactttcatcgatttactttacgctggatttttaagccgatcttaatgtcgatgcccgatgcactatgtcaacttcaatttcggagacatgctatattccaagtctgtcacggaacgttgagatttactgagtgtactattgcaatgcgtgcgagcacttctcacccgtctagtttttgcagCATTGAGAGCAACCAAACAAATAAGTTATGCTCCATCAGCCAGTGTGATCCGGACTCCTTGCTCAATGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S96_146V6.2
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162184004|gb|FC359374.1|FC359374
EST:     CTTCGGGTTGGGCCACCGGTGTACTTTGTTGTGAAGAACTACAACTACAG                         CATTGAGAGCAACCAAACAAATAAGTTATGCTCCATCAGCCAGTGTGATCC
genomic: CTTCGGGTTGGGCCACCGGTGTACTTTGTTGTGAAGAACTACAACTACAGgttcttgaaa ... gtttttgcagCATTGAGAGCAACCAAACAAATAAGTTATGCTCCATCAGCCAGTGTGATCC
EST: gi|100389697|gb|BY952503.1|BY952503
EST:     CTTCGGGTTGGGCCACCGGTGTACTTTGTTGTGAAGAACTACAACTACAG                         CATTGAGAGCAACCAAACAAATAAGTTATGCTCCATCAGCCAGTGTGATCC
genomic: CTTCGGGTTGGGCCACCGGTGTACTTTGTTGTGAAGAACTACAACTACAGgttcttgaaa ... gtttttgcagCATTGAGAGCAACCAAACAAATAAGTTATGCTCCATCAGCCAGTGTGATCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgagtgtactattgcaatgcgtgcgagcacttctcacccgtctagtttttgcagCATTGAGAGCAACCAAACAAATAAGTTATGCTCCATCAGCCAGTGTGATCCGGACTCCTTGCTCAATGAG
                               ttctcac  putative branch site (score: 2)
                                              tttttgc  putative PPT
                                           tagttttt  TA-rich tract