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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caatgagtttttatgttcaactttgtctaaccaacagcccttccgagtactctcaggacgtgaaatgtaatgtagcttctttcacgtggccttgcttcagGGTACGAAAGTGGTGTAATCAGAGCGTCAGAATTTCGTTCATACCACACGCCTTTGAACAAGCAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S96_146V6.2
intron # 28
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162184004|gb|FC359374.1|FC359374
EST:     CTGTGCCAAGGGTGGCCATGGAGCATACACAACCAGTCTTAACCTTACGG                         GGTACGAAAGTGGTGTAATCAGAGCGTCAGAATTTCGTTCATACCACACGC
genomic: CTGTGCCAAGGGTGGCCATGGAGCATACACAACCAGTCTTAACCTTACGGgtatcataat ... cttgcttcagGGTACGAAAGTGGTGTAATCAGAGCGTCAGAATTTCGTTCATACCACACGC
EST: gi|100430637|gb|BY978320.1|BY978320
EST:     CTGTGCCAAGGGTGGCCATGGAGCATACACAACCAGTCTTAACCTTACGG                         GGTACGAAAGTGGTGTAATCAGAGCGTCAGAATTTCGTTCATACCACACGC
genomic: CTGTGCCAAGGGTGGCCATGGAGCATACACAACCAGTCTTAACCTTACGGgtatcataat ... cttgcttcagGGTACGAAAGTGGTGTAATCAGAGCGTCAGAATTTCGTTCATACCACACGC
EST: gi|100389697|gb|BY952503.1|BY952503
EST:     CTGTGCCAAGGGTGGCCATGGAGCATACACAACCAGTCTTACCCTTACGG                         GGTACGAAAGTGGTGTAATCAGAGCGTCAGAATTTNCGT-CATACCACACG
genomic: CTGTGCCAAGGGTGGCCATGGAGCATACACAACCAGTCTTAACCTTACGGgtatcataat ... cttgcttcagGGTACGAAAGTGGTGTAATCAGAGCGTCAGAATTT-CGTTCATACCACACG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtactctcaggacgtgaaatgtaatgtagcttctttcacgtggccttgcttcagGGTACGAAAGTGGTGTAATCAGAGCGTCAGAATTTCGTTCATACCACACGCCTTTGAACAAGCAG
                                            ccttgcttc  CT-rich tract
                 aaatgtaat  TA-rich tract