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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgttattttctcttctttcgtttaactgtgcacaaactttctcgattaatggcaagcaacataatacttcttaaaaacttgatggggaactcagcctcaggcgtacatagttttagtatccctaacaatacgtgagtttgtgttgcagTATTTCAACGGCTTTTACTATCATATTTGTTATTGCAATGATCGTTATTGATTTGATG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S96_146V6.2
intron # 32
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162184004|gb|FC359374.1|FC359374
EST:     CGGCTGTTTTCTTCGTCTGCTTTCTAACTACCACAAG                         TATTTCAACGGCTTTTACTATCATATTTGTTATTGCAATGATCG
genomic: CGGCTGTTTTCTTCGTCTGCCTTCTAACTACCACAAGgtttgttatt ... tgtgttgcagTATTTCAACGGCTTTTACTATCATATTTGTTATTGCAATGATCG
EST: gi|100430637|gb|BY978320.1|BY978320
EST:     CGGCTGTTTTCTTCGTCTGCCTTCTAACTACCACAAG                         TATTTCAACGGCTTTTACTATCATATTTGTTATTGCAATGATCGTTATTGA
genomic: CGGCTGTTTTCTTCGTCTGCCTTCTAACTACCACAAGgtttgttatt ... tgtgttgcagTATTTCAACGGCTTTTACTATCATATTTGTTATTGCAATGATCGTTATTGA
EST: gi|162271359|gb|FC446932.1|FC446932
EST:     GCCTTCTAACTACCACAAG                         TATTTCAACGGCTTTTACTATCATATTTGTTATTGCAATGATCGTTATTGA
genomic: GCCTTCTAACTACCACAAGgtttgttatt ... tgtgttgcagTATTTCAACGGCTTTTACTATCATATTTGTTATTGCAATGATCGTTATTGA
EST: gi|162271360|gb|FC446933.1|FC446933
EST:     CGGCTGTTTTCTTCGTCTGCCTTCTAACTACCACAAG                         TATTTCAACGGCTTTTACTATCATATTTGTTATTGCAATGATCGTTATTGA
genomic: CGGCTGTTTTCTTCGTCTGCCTTCTAACTACCACAAGgtttgttatt ... tgtgttgcagTATTTCAACGGCTTTTACTATCATATTTGTTATTGCAATGATCGTTATTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcctcaggcgtacatagttttagtatccctaacaatacgtgagtttgtgttgcagTATTTCAACGGCTTTTACTATCATATTTGTTATTGCAATGATCGTTATTGATTTGATG
                          ccctaac  putative branch site (score: 2)
             atagtttta  TA-rich tract