Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGACAAATAGTTAAGGAGGGTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttcttttagcagattccatagggagcattttatacttggtgtcaatactaatctttcgcattgtgatgatgtttaccttacagtataaacatg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S61_124V6.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67700563|gb|BJ960796.1|BJ960796
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208370975|gb|DC944350.1|DC944350
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208366029|gb|DC951124.1|DC951124
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208399308|gb|DC916621.1|DC916621
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208362082|gb|DC943509.1|DC943509
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTANAG                         GCTGATGTTACTGGTGAANTTGAAAAAGTTTTGTGG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGG
EST: gi|208370558|gb|DC951594.1|DC951594
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208358614|gb|DC949949.1|DC949949
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208370450|gb|DC952153.1|DC952153
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208370762|gb|DC948271.1|DC948271
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGGCGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208351242|gb|DC921549.1|DC921549
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208365172|gb|DC947352.1|DC947352
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208385741|gb|DC952902.1|DC952902
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208389602|gb|DC945826.1|DC945826
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|67691673|gb|BJ951906.1|BJ951906
EST:     AGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: AGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208393558|gb|DC949720.1|DC949720
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTATAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208384193|gb|DC919679.1|DC919679
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208396517|gb|DC915829.1|DC915829
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTCTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208389378|gb|DC953216.1|DC953216
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208389174|gb|DC945750.1|DC945750
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208355255|gb|DC949791.1|DC949791
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208348899|gb|DC921671.1|DC921671
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208388748|gb|DC953482.1|DC953482
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208368721|gb|DC947954.1|DC947954
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|162206887|gb|FC382749.1|FC382749
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208373226|gb|DC945166.1|DC945166
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|37845977|gb|BJ603985.1|BJ603985
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGGG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208381467|gb|DC919469.1|DC919469
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208392762|gb|DC953659.1|DC953659
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208367375|gb|DC951293.1|DC951293
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208367870|gb|DC950951.1|DC950951
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208365476|gb|DC954717.1|DC954717
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208369168|gb|DC956043.1|DC956043
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208388577|gb|DC953395.1|DC953395
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208353508|gb|DC946330.1|DC946330
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208358599|gb|DC946560.1|DC946560
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTCTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208388861|gb|DC945437.1|DC945437
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|162209010|gb|FC385562.1|FC385562
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208397452|gb|DC916364.1|DC916364
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
EST: gi|208359478|gb|DC954031.1|DC954031
EST:     GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAG                         GCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG
genomic: GTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 10

GGACAAATAGTTAAGGAGGGTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttc ... ggttatgcagGCTGATGTTACTGGTGAAGTTGAGAAAGTTTTGTGGGAAGACGGAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGACAAATAGTTAAGGAGGGTCAAGTGGTGTGCTATTTGGAGCAGCTCGGCACGCAACAACCTGTAGAGgtaaatgttcttttagcagattccatagggagcattttatacttggtgtcaatactaatctttcgcattgtgatgatgtttaccttacagtataaacatg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC