Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tccagcattgtgttcgttaccttgctcctccccttgttgccacctttgaattggcttatctccacatctctgacgctatgtatattgcgaatgtctacagGTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATTTGGTTATGGTTCTCTAATTTGGAAGGCGGGTTTTGAGTACGATGAACGTGTTGTAGGGTTCATCAAGGGCTAT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S56_10V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100445429|gb|CJ975578.1|CJ975578
EST:     GTTTAAACACGCCAGTGCAGCCTGTGAAACGCTACCAAATCAACCGACAG                         GTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATTTGGTTATGGTTCTCTAATT-GGAA
genomic: GTTTAAACACGCCAGTGCAGCCTGTGAAACGCTACCAAATCAACCGACAGgtactttaaa ... atgtctacagGTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATTTGGTTATGGTTCTCTAATTTGGAA
EST: gi|162155533|gb|FC331510.1|FC331510
EST:     GTTTAAACACGCCAGTGCAGCCTGTGAAACGCTACCAAATCAACCGACAG                         GTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATTTGGTTATGGTTCTCTAATTTGGAA
genomic: GTTTAAACACGCCAGTGCAGCCTGTGAAACGCTACCAAATCAACCGACAGgtactttaaa ... atgtctacagGTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATTTGGTTATGGTTCTCTAATTTGGAA
EST: gi|208357745|gb|DC902297.1|DC902297
EST:     GTTTAAACACGCCAGTGCAGCCTGTGAAACGCTACCAAATCAACCGACAG                         GTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATTTGGTTATGGTTCTCTAATTTGGAA
genomic: GTTTAAACACGCCAGTGCAGCCTGTGAAACGCTACCAAATCAACCGACAGgtactttaaa ... atgtctacagGTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATTTGGTTATGGTTCTCTAATTTGGAA
EST: gi|100441687|gb|BY962778.1|BY962778
EST:     GTTTAAACACGCCAGTGCAGCCTGTGAAACGCTACCAAATCAACCGACAG                         GTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATTTGGTTATGGTTCTCTAATTTGGAA
genomic: GTTTAAACACGCCAGTGCAGCCTGTGAAACGCTACCAAATCAACCGACAGgtactttaaa ... atgtctacagGTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATTTGGTTATGGTTCTCTAATTTGGAA
EST: gi|100391020|gb|BY953030.1|BY953030
EST:     GTTTAAACACGCCAGTGCAGCCTGTGAAACGCTACCAAATCAACCGACAG                         GTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATTTGGTTATGGTTCTCTAATTTGGAA
genomic: GTTTAAACACGCCAGTGCAGCCTGTGAAACGCTACCAAATCAACCGACAGgtactttaaa ... atgtctacagGTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATTTGGTTATGGTTCTCTAATTTGGAA
EST: gi|100374876|gb|BY949103.1|BY949103
EST:     TNNAACACGCCAGTGCAGCCTGTNGAA-CGCTACCAAATNCA-CCGACAG                         GTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATT
genomic: TTAAACACGCCAGTGCAGCCTGT-GAAACGCTACCAAAT-CAACCGACAGgtactttaaa ... atgtctacagGTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgaattggcttatctccacatctctgacgctatgtatattgcgaatgtctacagGTTTAGAAATATGGTGCTATGGGTATTTGGTTATGGTTCTCTAATTTGGAAGGCGGGTTTTGAGTACGATGAACGTGTTGTAGGGTTCATCAAGGGCTAT
                      ctctgac  putative branch site (score: 3)
                               tatgtatatt  TA-rich tract