Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTACGAGAAGTATCATGCTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgttttacttttcgcgtgtgcatcggtcttgaggtcgtgcaggtgattatagttttggtttgctgtttctccttgtagtgtgttgtgttttgc...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S505_6V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208348255|gb|DC905497.1|DC905497
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|208350053|gb|DC910288.1|DC910288
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGANTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|208372097|gb|DC940279.1|DC940279
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAGAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|100352660|gb|BY945383.1|BY945383
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|100419397|gb|BY957563.1|BY957563
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACCAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|208353412|gb|DC938689.1|DC938689
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|100401171|gb|BY990866.1|BY990866
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|100422729|gb|BY957971.1|BY957971
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|18368307|gb|BJ200392.1|BJ200392
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGG
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGG-
EST: gi|208377072|gb|DC910846.1|DC910846
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|100444750|gb|BY982579.1|BY982579
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|100386024|gb|BY969963.1|BY969963
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGANAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|100359507|gb|BY947022.1|BY947022
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|100444882|gb|BY982710.1|BY982710
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|100435518|gb|BY960952.1|BY960952
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|100399512|gb|BY972756.1|BY972756
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGGCCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|208400164|gb|DC904812.1|DC904812
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|208391832|gb|DC942352.1|DC942352
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|67719022|gb|BJ969281.1|BJ969281
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|100440118|gb|BY980404.1|BY980404
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|208376766|gb|DC902947.1|DC902947
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|18360513|gb|BJ192576.1|BJ192576
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|208350009|gb|DC910244.1|DC910244
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTCCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|208362445|gb|DC930978.1|DC930978
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA
EST: gi|100428843|gb|BY959461.1|BY959461
EST:     CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATG                         GTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGNGA
genomic: CTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgt ... ttgttgtcagGTGAACAAGTACTACGACCTTGTTAACAGCTTCTACGAGTATGGGTGGGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTACGAGAAGTATCATGCTATGCACGGAGGCGACAAAGAAGCAAGAAAGAGCAATTACACTGACATGgtgagctcgttttacttttcgcgtgtgcatcggtcttgaggtcgtgcaggtgattatagttttggtttgctgtttctccttgtagtgtgttgtgttttgc

- - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA