1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
gtatgtctacactctagggtgcatttatgtactatatattgttatgtcattccaactatctcagacttgcatttgttcatgtggtggctatattgcagATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGTAGACTTGTTTTATCGAAAAGAGCTTCCTCTAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g56850.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GC-TTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGG ATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGTEST: gi|29670415|gb|CB666690.1|CB666690
genomic: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGGgtatgtctac ... tatattgcagATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGT
EST: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGG ATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGTEST: gi|58586132|gb|CF984440.1|CF984440
genomic: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGGgtatgtctac ... tatattgcagATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGT
EST: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTCGGTGGCGG ATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGEST: gi|58601900|gb|CK012428.1|CK012428
genomic: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGGgtatgtctac ... tatattgcagATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACG
EST: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTCGGGGGCGG ATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGTEST: gi|319908658|gb|HS977786.1|HS977786
genomic: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGGgtatgtctac ... tatattgcagATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGT
EST: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTCGGTGGCGG ATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGTEST: gi|4714976|gb|AU056093.1|AU056093
genomic: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGGgtatgtctac ... tatattgcagATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGT
EST: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGG ATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGTEST: gi|29680732|gb|CB677007.1|CB677007
genomic: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGGgtatgtctac ... tatattgcagATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGT
EST: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGG ATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATEST: gi|88407233|gb|CI583691.1|CI583691
genomic: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGGgtatgtctac ... tatattgcagATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATAT
EST: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGG ATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGEST: gi|29675048|gb|CB671323.1|CB671323
genomic: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGGgtatgtctac ... tatattgcagATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCG
EST: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGG ATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGT
genomic: GCCTTAAGTTTGGAGGAGCTACCAAAACGTGCTGTAATCCTTGGTGGCGGgtatgtctac ... tatattgcagATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGT
atgtcattccaactatctcagacttgcatttgttcatgtggtggctatattgcagATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGTAGACTTGTTTTATCGAAAAGAGCTTCCTCTAAG
tatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtctacactctagggtgcatttatgtactatatattgttatgtcattccaactatctcagacttgcatttgttcatgtggtggctatattgcagATATATTGCTGTTGAATTTGCTTCTATATGGAAAGGGATGGGTGCGCACGTAGACTTGTTTTATCGAAAAGAGCTTCCTCTAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT