Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACGGCAGGAGAAGACCGTCATGAAACTGGTGGTTGATTCAGAGACTGATAAAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaagtttgtgtgtttatttcacacacaaaaaaatcgtggcattttccagtcttcactagtattttgcacctgactttccaccaattgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g56850.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g56850.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM5G806449_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 15
ACGGCAGGAGAAGACCGTCATGAAACTGGTGGTTGATTCAGAGACTGATAAAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaagtttgtgtgtttatttcacacacaaaaaaatcgtggcattttccagtcttcactagtattttgcacctgactttccaccaattgcag
 || |||||||||||  ||||||||||||| |||||| | || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||  |   | |||     ||| |            |||  |    | ||||  | |||  |  ||| ||     |||  ||   |    | |||
GCGCCAGGAGAAGACTATCATGAAACTGGTAGTTGATGCTGAAACTGACAAAGTACTTGGTGCATCCATGTGTGGACCAGACGCACCTGAAATTATCCAGgtaa--agcatatgtacaactatct--------gggtaatttt--tctcttcctttgttcgttgttatcttatgattgagctttggcatgatccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88291967|gb|CI532559.1|CI532559
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86251596|gb|CI016885.1|CI016885
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88848384|gb|CI086906.1|CI086906
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88254847|gb|CI351475.1|CI351475
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86431565|gb|CI085176.1|CI085176
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|9886227|gb|AU102120.1|AU102120
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88217368|gb|CI217217.1|CI217217
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88323267|gb|CI553512.1|CI553512
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88459892|gb|CI524351.1|CI524351
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86522150|gb|CI162356.1|CI162356
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|89184506|gb|CI047071.1|CI047071
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|29670416|gb|CB666691.1|CB666691
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88295376|gb|CI527739.1|CI527739
EST:     TCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: TCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|27578226|gb|CB000921.1|CB000921
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGG
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGG
EST: gi|29675049|gb|CB671324.1|CB671324
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86434618|gb|CI105851.1|CI105851
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|18385573|gb|BM418772.1|BM418772
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATCATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|87015137|gb|CI273535.1|CI273535
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88455858|gb|CI526674.1|CI526674
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88460573|gb|CI532046.1|CI532046
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88320835|gb|CI527987.1|CI527987
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86594898|gb|CI258152.1|CI258152
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86489073|gb|CI131706.1|CI131706
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88319637|gb|CI520680.1|CI520680
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88256324|gb|CI358712.1|CI358712
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|33675534|gb|CF303773.1|CF303773
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88841227|gb|CI080681.1|CI080681
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|58686026|gb|CK074713.1|CK074713
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATCATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|89198081|gb|CI117559.1|CI117559
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|89185441|gb|CI051769.1|CI051769
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|33682254|gb|CF310493.1|CF310493
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|29625188|gb|CB630199.1|CB630199
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATCATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86603737|gb|CI112497.1|CI112497
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88274060|gb|CI394466.1|CI394466
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88964176|gb|CI045369.1|CI045369
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86603354|gb|CI112114.1|CI112114
EST:     AGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCNCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAG
genomic: AGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATC-CAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAG
EST: gi|88957187|gb|CI095173.1|CI095173
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATTCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88833560|gb|CI077041.1|CI077041
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86426951|gb|CI072048.1|CI072048
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|89187152|gb|CI047219.1|CI047219
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88408891|gb|CI554213.1|CI554213
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88966781|gb|CI366004.1|CI366004
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTAGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAG
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAG-CGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAG
EST: gi|86594937|gb|CI258191.1|CI258191
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|87014199|gb|CI273389.1|CI273389
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGGCCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|396941644|gb|HO188301.1|HO188301
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATCATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88845181|gb|CI084106.1|CI084106
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|89190847|gb|CI392700.1|CI392700
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTTTGGACCAGATGCACCAGACATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTTGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACACC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|218481326|gb|FG969724.1|FG969724
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATCATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86430740|gb|CI083163.1|CI083163
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGACTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88257343|gb|CI359731.1|CI359731
EST:     AAGTGCTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGGGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86872978|gb|CI326975.1|CI326975
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86426091|gb|CI071188.1|CI071188
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88955687|gb|CI091976.1|CI091976
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88849681|gb|CI089787.1|CI089787
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88838759|gb|CI376297.1|CI376297
EST:     AGGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: A-GTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88848329|gb|CI086851.1|CI086851
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88460680|gb|CI534552.1|CI534552
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88906458|gb|CI375530.1|CI375530
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTTTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86896270|gb|CI330158.1|CI330158
EST:     AAGTACTTTGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88955638|gb|CI091927.1|CI091927
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86526760|gb|CI166966.1|CI166966
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88253128|gb|CI351754.1|CI351754
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86845452|gb|CI340491.1|CI340491
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88257486|gb|CI359874.1|CI359874
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|89188782|gb|CI048518.1|CI048518
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86602727|gb|CI357091.1|CI357091
EST:     GATGCACCAGAGATTATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: GATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|88248383|gb|CI248232.1|CI248232
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATNATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
EST: gi|86429566|gb|CI076247.1|CI076247
EST:     AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATAATCCAG                         GGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC
genomic: AAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 54 (downstream exon)
Score: 47

ACGGCAGGAGAAGACCGTCATGAAACTGGTGGTTGATTCAGAGACTGATAAAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaag ... ccaattgcagGGTATGGCTGTAGCGCTGAAGTGTGGAGCCACCAAGGCGACCTTTGACAGCACT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACGGCAGGAGAAGACCGTCATGAAACTGGTGGTTGATTCAGAGACTGATAAAGTACTTGGTGCATCAATGTGTGGACCAGATGCACCAGAGATTATCCAGgtaagcaaagtttgtgtgtttatttcacacacaaaaaaatcgtggcattttccagtcttcactagtattttgcacctgactttccaccaattgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG