Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgggctcattggagcatcttctctttttttctgttgttctactgttctgttatattgatggttgatggattttgtttgatgtgtttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTCTTTCAGGGAGCTTCCTTGGCATG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g17500.3
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g17500.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G412899_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtgggctcattggagcatcttctctttttttctgttgttctactgttctgttatattgatg--gttgatggattttgtttgatgtgtttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTCTTTCAGGGAGCTTCCTTGGCATG
                    |    |     ||||  |  ||| ||  | |||| || ||   ||     || ||  |||  |||| |  ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| |||
-------------------gtgcactcaaagctgtc-tcatacagtggtattatgttcattttgtcacatgacttatttttgtgtgctgtcttacagGATCAATTGTAGCAATGCTTCTAATGGACAAGCTAGGTAGAAAAGTGCTTCTTTCAGGGAGTTTTCTTGGGATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29643521|gb|CB648528.1|CB648528
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
EST: gi|218501803|gb|FG948060.1|FG948060
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
EST: gi|88827907|gb|CI778472.1|CI778472
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
EST: gi|218496023|gb|FG951379.1|FG951379
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
EST: gi|88732502|gb|CI755679.1|CI755679
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
EST: gi|66922886|gb|CX109734.1|CX109734
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTAC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTAC
EST: gi|218498315|gb|FG958350.1|FG958350
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGA
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGA
EST: gi|88827571|gb|CI778136.1|CI778136
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tactgttctgttatattgatggttgatggattttgtttgatgtgtttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTCTTTCAGGGAGCTTCCTTGGCATG
                                            tttgcttcc  CT-rich tract
          ttatattgat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgggctcattggagcatcttctctttttttctgttgttctactgttctgttatattgatggttgatggattttgtttgatgtgtttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTCTTTCAGGGAGCTTCCTTGGCATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT