1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
TTGCACTATTTTATTCAGTCGTTATTTGAAGTCCATGGCATAATTGGTATGCTGTTCACATTGCAGGATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgccttttgttctgatacataagtgtaaactagtgtagtagtgttctaatataatgtggattatgtgtacaatgctttgtaggtgcagcagaaaac...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g67250.2 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GATTTTGGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|29630218|gb|CB635227.1|CB635227
genomic: GATTTT-GGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: TGCAGTGATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|29629880|gb|CB634889.1|CB634889
genomic: TGCAG-GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: TGCAGTGATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|86481978|gb|CI124611.1|CI124611
genomic: TGCAG-GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: TGCAGTGATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|29625772|gb|CB630783.1|CB630783
genomic: TGCAG-GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: TGCAGTGATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATGEST: gi|29624492|gb|CB629503.1|CB629503
genomic: TGCAG-GATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
EST: GCAGTGCGATTCAGGGGTGTTGACACAG ATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
genomic: GCAGTGCGATTCA-GGGTGTTGACACAGgtattgcctt ... acactttcagATTTTCTGATGTATGATGATGAGGTGGACTGTGATGAGGCTAATGATGATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGCACTATTTTATTCAGTCGTTATTTGAAGTCCATGGCATAATTGGTATGCTGTTCACATTGCAGGATTTTGGCAGTGCGATTCAGGGTGTTGACACAGgtattgccttttgttctgatacataagtgtaaactagtgtagtagtgttctaatataatgtggattatgtgtacaatgctttgtaggtgcagcagaaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT