1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
GCTTTCAATAAGTGTCCGTCACCCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCGgtaggctatctcttgccatctgcaccataatgaattgttagacatgcattgttacttctgatacttttgctagatttatttctcctggattgtcattcac...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g44394.1 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCG GTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCAEST: gi|86501979|gb|CI144612.1|CI144612
genomic: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCGgtaggctatc ... cctgtgttagGTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCA
EST: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCG GTATGCTATGATTGGAGCCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCEST: gi|88538285|gb|CI467300.1|CI467300
genomic: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCGgtaggctatc ... cctgtgttagGTATGCTATGATTGGAGC-AAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGC
EST: CCATCACATCCAGTACATTCAATCAGGAGGGCTCAATATTTGCTTATNCG GTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCAEST: gi|9865435|gb|AU101185.1|AU101185
genomic: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCGgtaggctatc ... cctgtgttagGTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCA
EST: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCG GTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCAEST: gi|88522457|gb|CI450218.1|CI450218
genomic: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCGgtaggctatc ... cctgtgttagGTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCA
EST: CCATCACATGCANTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCG GTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCAEST: gi|88466073|gb|CI519946.1|CI519946
genomic: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCGgtaggctatc ... cctgtgttagGTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCA
EST: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCG GTATGGTATGATTGGAGCAAGGGTNCCGANAAGCACAATCCTTCTACTGCAEST: gi|88534425|gb|CI463146.1|CI463146
genomic: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCGgtaggctatc ... cctgtgttagGTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCA
EST: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCG GTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCCEST: gi|88550588|gb|CI480575.1|CI480575
genomic: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCGgtaggctatc ... cctgtgttagGTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCA
EST: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGGTCAATATTTGCTTATGCG GTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCAEST: gi|86251611|gb|CI016900.1|CI016900
genomic: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCGgtaggctatc ... cctgtgttagGTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCA
EST: CCACCACATGCAGTACATTCAATCAGGGTGGCTCAATATTTGCTTATGCG GTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCAEST: gi|88960382|gb|CI382260.1|CI382260
genomic: CCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCGgtaggctatc ... cctgtgttagGTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCA
EST: TCAATATTTGCTTATGCG GTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCA
genomic: TCAATATTTGCTTATGCGgtaggctatc ... cctgtgttagGTATGCTATGATTGGAGCAAGGGTGCCGAGAAGCACAATCCTTCTACTGCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTTTCAATAAGTGTCCGTCACCCATCACATGCAGTACATTCAATCAGGATGGCTCAATATTTGCTTATGCGgtaggctatctcttgccatctgcaccataatgaattgttagacatgcattgttacttctgatacttttgctagatttatttctcctggattgtcattcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG