Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATCGGAGTATAACACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAGgtttgttgaattctattttatttgtggatgcttggcagaccttaaaatttcaaaaccgatacatgtaacatatggacattgttgattctgtcatgcagaa...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g13730.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|218494779|gb|FG960743.1|FG960743
EST:     CACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAG                         ACAAGGTGCAACTCAATATGCTGGAACCCTAGGGAGCCTATGAACTTCACT
genomic: CACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAGgtttgttgaa ... gcttatgcagACAAGGTGCAACTCAATATGCTGGAACCCTAGGGAGCCTATGAACTTCACT
EST: gi|58676735|gb|CK065422.1|CK065422
EST:     CACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAG                         ACAAGGTGCAACTCAATATGCTGGAACCCTAGGGAGCCTATGAACTTCACT
genomic: CACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAGgtttgttgaa ... gcttatgcagACAAGGTGCAACTCAATATGCTGGAACCCTAGGGAGCCTATGAACTTCACT
EST: gi|58676759|gb|CK065446.1|CK065446
EST:     CACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAG                         ACAAGGTGCAACTCAA
genomic: CACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAGgtttgttgaa ... gcttatgcagACAAGGTGCAACTCAA
EST: gi|58666954|gb|CK055640.1|CK055640
EST:     CACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAG                         ACAAGGTGCAA
genomic: CACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAGgtttgttgaa ... gcttatgcagACAAGGTGCAA
EST: gi|58665877|gb|CK054563.1|CK054563
EST:     CACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAG                         ACAAGGTGCAACTCAATATGCTGGAACCCTAGGGAGCCTATGAACTTCACT
genomic: CACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAGgtttgttgaa ... gcttatgcagACAAGGTGCAACTCAATATGCTGGAACCCTAGGGAGCCTATGAACTTCACT
EST: gi|3759655|gb|C96913.1|C96913
EST:     CACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAG                         ACAAGGTGCAACTCAATATGCTGGAACCCTAGGGANCCTATGAACTTCACT
genomic: CACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAGgtttgttgaa ... gcttatgcagACAAGGTGCAACTCAATATGCTGGAACCCTAGGGAGCCTATGAACTTCACT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 64 (upstream exon), 54 (downstream exon)
Score: 22

TGATCGGAGTATAACACTTTATGATCTACGCATGTCATCCCCTGCTAGAAAGCTAATCATGAAGgtttgttgaa ... gcttatgcagACAAGGTGCAACTCAATATGCTGGAACCCTAGGGAGCCTATGAACTTCACTGCC




<











<


<