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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctaccaggccattcaaaatcagatcaaaatattacgtgttgttctcaaatgcaaaatacttcatggctgtactgaagtttggatttagttacttc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g02020.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g02020.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM5G860137_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctaccaggccattcaaaatca-gatcaaaatattacgtgttgttctcaa----atgcaaaatacttcatggctgtactgaagtttggatttagttacttc
|||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  | || || ||||||||||| |||||||||| |     |||  | ||| | |||  |  ||||   ||      ||||     ||||   ||   |||     || | |   ||| ||  ||       
GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttctgactcatgtataattatgatgtacttattgactgcaaaattcaacttggtgcatggtataacatcctctta-tcacacttgtatacagccc----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88449714|gb|CI539089.1|CI539089
EST:     TTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: TTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|86886429|gb|CI336132.1|CI336132
EST:     GCCATCCTATTGGTTCCACTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|125863427|gb|EL586709.1|EL586709
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|89182799|gb|CI045557.1|CI045557
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|88470166|gb|CI407437.1|CI407437
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|86431728|gb|CI085339.1|CI085339
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|88223118|gb|CI222967.1|CI222967
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|88457931|gb|CI542113.1|CI542113
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|88982218|gb|CI027795.1|CI027795
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|58657491|gb|CK046171.1|CK046171
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|29675317|gb|CB671592.1|CB671592
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|88243051|gb|CI244173.1|CI244173
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|86427944|gb|CI073041.1|CI073041
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|88214442|gb|CI214291.1|CI214291
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|88261356|gb|CI364932.1|CI364932
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|89191076|gb|CI392929.1|CI392929
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|86831084|gb|CI295561.1|CI295561
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|88260275|gb|CI362568.1|CI362568
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGGTTTGCAATGG
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGA-GTTTGCAATGG
EST: gi|86600622|gb|CI356379.1|CI356379
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|29640751|gb|CB645758.1|CB645758
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|88276828|gb|CI395991.1|CI395991
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|22306530|gb|BQ907752.1|BQ907752
EST:     CATCCTATT-GTT-CAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATT-GGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: CATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|29641200|gb|CB646207.1|CB646207
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|66915792|gb|CX102640.1|CX102640
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|86868992|gb|CI334364.1|CI334364
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|88248007|gb|CI247856.1|CI247856
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|218487009|gb|FG958888.1|FG958888
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|88272428|gb|CI386283.1|CI386283
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTC-GG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|86431249|gb|CI083672.1|CI083672
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATNATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|88322667|gb|CI542995.1|CI542995
EST:     AGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: AGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|86851471|gb|CI314069.1|CI314069
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|86494598|gb|CI137231.1|CI137231
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|89169716|gb|CI110075.1|CI110075
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
EST: gi|86528447|gb|CI168653.1|CI168653
EST:     GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG                         ATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA
genomic: GCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctacc ... tgctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGA