Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgttagattctatgtaactatacattcagcaaataggtatccccagaagatctcattaacattcatgtaaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g02020.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g02020.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM5G860137_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtatgttgttagattctatgtaactatacattcagcaaatag-----gtat---ccccagaagatctcattaa-cattcatgtaaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG
||  ||   |  ||| | | |   | || ||||||||  |||     ||||   || | | | |||| || ||  ||   |||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  | || || ||||||||||| |||
gtgagtcactt-attttttatttgtctatattcagcagttagtatttgtatttgcctccggatatctaataaaatatctctgtacatt-cagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58609247|gb|CK037280.1|CK037280
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|125863427|gb|EL586709.1|EL586709
EST:     TTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: TTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|89182799|gb|CI045557.1|CI045557
EST:     GTCATTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86431728|gb|CI085339.1|CI085339
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88223118|gb|CI222967.1|CI222967
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88982218|gb|CI027795.1|CI027795
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|58657491|gb|CK046171.1|CK046171
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGNTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|29675317|gb|CB671592.1|CB671592
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|218504789|gb|FG958555.1|FG958555
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88243051|gb|CI244173.1|CI244173
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86427944|gb|CI073041.1|CI073041
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88214442|gb|CI214291.1|CI214291
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88261356|gb|CI364932.1|CI364932
EST:     CCAGAAGCTTCTT-GTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86831084|gb|CI295561.1|CI295561
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88260275|gb|CI362568.1|CI362568
EST:     CTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTT-GTATTCCTTC-                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86600622|gb|CI356379.1|CI356379
EST:     CTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|29640751|gb|CB645758.1|CB645758
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|29641200|gb|CB646207.1|CB646207
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|66915792|gb|CX102640.1|CX102640
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86868992|gb|CI334364.1|CI334364
EST:     CTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88248007|gb|CI247856.1|CI247856
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|218487009|gb|FG958888.1|FG958888
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86431249|gb|CI083672.1|CI083672
EST:     GTCGTTGCTTNAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86851471|gb|CI314069.1|CI314069
EST:     GTCG-TGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGT-GTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86494598|gb|CI137231.1|CI137231
EST:     AGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: AGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|89169716|gb|CI110075.1|CI110075
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86528447|gb|CI168653.1|CI168653
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattcagcaaataggtatccccagaagatctcattaacattcatgtaaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG
                               cattaac  putative branch site (score: 2)
                                      attcatgtaaattt  TA-rich tract