Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgttagattctatgtaactatacattcagcaaataggtatccccagaagatctcattaacattcatgtaaatttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g02020.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58609247|gb|CK037280.1|CK037280
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|125863427|gb|EL586709.1|EL586709
EST:     TTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: TTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|89182799|gb|CI045557.1|CI045557
EST:     GTCATTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86431728|gb|CI085339.1|CI085339
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88223118|gb|CI222967.1|CI222967
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88982218|gb|CI027795.1|CI027795
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|58657491|gb|CK046171.1|CK046171
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGNTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|29675317|gb|CB671592.1|CB671592
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|218504789|gb|FG958555.1|FG958555
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88243051|gb|CI244173.1|CI244173
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86427944|gb|CI073041.1|CI073041
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88214442|gb|CI214291.1|CI214291
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88261356|gb|CI364932.1|CI364932
EST:     CCAGAAGCTTCTT-GTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86831084|gb|CI295561.1|CI295561
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88260275|gb|CI362568.1|CI362568
EST:     CTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTT-GTATTCCTTC-                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86600622|gb|CI356379.1|CI356379
EST:     CTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|29640751|gb|CB645758.1|CB645758
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|29641200|gb|CB646207.1|CB646207
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|66915792|gb|CX102640.1|CX102640
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86868992|gb|CI334364.1|CI334364
EST:     CTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88248007|gb|CI247856.1|CI247856
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|218487009|gb|FG958888.1|FG958888
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86431249|gb|CI083672.1|CI083672
EST:     GTCGTTGCTTNAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86851471|gb|CI314069.1|CI314069
EST:     GTCG-TGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGT-GTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86494598|gb|CI137231.1|CI137231
EST:     AGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: AGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|89169716|gb|CI110075.1|CI110075
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86528447|gb|CI168653.1|CI168653
EST:     GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCGTTGCTTTAGCCAACCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgttagattctatgtaactatacattcagcaaataggtatccccagaagatctcattaacattcatgtaaatttcag

- - - - - - - - -  AGAAGC