Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAACATGCCCTTGCCGTTCGTGCTGCTGTAACTTCAGGAAATTATATTGCATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtatttttaatcaactggtttttgtagcttgttggtaacacctaacatatatgtccaaggggaataaactgaaatgaattttttaatatccacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38620.2
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G38620.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv13s0067g03720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
AAACATGCCCTTGCCGTTCGTGCTGCTGTAACTTCAGGAAATTATATTGCATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattttta-----atcaactggtttttgtagcttgttggta------------acacctaacatatatgtccaaggggaataaactgaaatgaattttttaatat--ccacag
||||| || ||||| ||||| || ||||| || |||||||| ||| |    || || ||| | |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||   ||| | ||     || | ||   | ||  ||     |  ||             ||  ||  | | ||  ||||  ||| |||  ||| ||  || |||| || |  |  |||
AAACACGCTCTTGCTGTTCGGGCAGCTGTCACATCAGGAAACTATGTCCTGTTTTTCAGATTATACAAAACAGCTCCTAATTTAAACACCTGCCTAATGGgtatatatatatattgggattatctccatctttcagaaaaattatataatccaattatgcatttactaaacattaccaaacgga-taagttgatatatatcttttcatctttcttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207757669|gb|GD728611.1|GD728611
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|6566150|gb|AW233787.1|AW233787
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|207796889|gb|GD771905.1|GD771905
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|58019863|gb|CX706605.1|CX706605
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|208062833|gb|GD861121.1|GD861121
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTG
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTG
EST: gi|208312537|gb|GE111257.1|GE111257
EST:     TTCTTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: TTC-TTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|193416174|gb|FK378040.1|FK378040
EST:     CTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: CTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|193461145|gb|FK427214.1|FK427214
EST:     ACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|19269696|gb|BM885952.1|BM885952
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|193328208|gb|FK293445.1|FK293445
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCA
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCA
EST: gi|208328016|gb|GE124190.1|GE124190
EST:     ACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAACATGCCCTTGCCGTTCGTGCTGCTGTAACTTCAGGAAATTATATTGCATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtatttttaatcaactggtttttgtagcttgttggtaacacctaacatatatgtccaaggggaataaactgaaatgaattttttaatatccacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC