Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtatttttaatcaactggtttttgtagcttgttggtaacacctaacatatatgtccaaggggaataaactgaaatgaattttttaatatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGTCATATCGTCCAACTCTACCTGTTTCATACATTTCTCAGGTTCTTGGGTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38620.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G38620.1 (Glycine max), 3'ss of exon 15
lower sequence: Vv13s0067g03720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
---------------gtgagtatttttaa---tcaactggtttttgtagcttgttggtaacacctaacatatatgtccaaggggaataaactgaaatgaattttttaatat--ccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGTCATATCGTCCAACTCTACCTGTTTCATACATTTCTCAGGTTCTTGGGTT
               | || ||| |  |    |||      || | ||      |  |  ||  ||  | | ||  ||||  ||| |||  ||| ||  || |||| || |  |  ||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||| |  |||||||  || |||||||| || ||  | ||||||||||| ||| |||||||||| || ||
gtatatatatatattgggattatctccatctttcagaaaaattatataatccaattatg-catttactaaacattaccaaacgga-taagttgatatatatcttttcatctttcttcagATCTTTGTGTTGAAAAGATGCGGTATGAGGCTGTAAGATGCATGTCTCGTTCATATCGCCCCACAGTGCCTGTTTCATATATTGCTCAGGTTCTGGGCTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207757669|gb|GD728611.1|GD728611
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|6566150|gb|AW233787.1|AW233787
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|207796889|gb|GD771905.1|GD771905
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|58019863|gb|CX706605.1|CX706605
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|208062833|gb|GD861121.1|GD861121
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTG
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTG
EST: gi|208312537|gb|GE111257.1|GE111257
EST:     TTCTTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: TTC-TTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|193416174|gb|FK378040.1|FK378040
EST:     CTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: CTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|193461145|gb|FK427214.1|FK427214
EST:     ACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|19269696|gb|BM885952.1|BM885952
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
EST: gi|193328208|gb|FK293445.1|FK293445
EST:     ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCA
genomic: ATTCTTTAGACTGTACAAAGCAGCTCCTAACTTAAACACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCA
EST: gi|208328016|gb|GE124190.1|GE124190
EST:     ACCTGCCTTATGG                         ATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT
genomic: ACCTGCCTTATGGgtgagtattt ... atatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cctaacatatatgtccaaggggaataaactgaaatgaattttttaatatccacagATCTCTATGTTGAAAAGATGCGCTATAAGGCTGTGAACTGCATGTGCCGGTCATATCGTCCAACTCTACCTGTTTCATACATTTCTCAGGTTCTTGGGTT
                      aataaactgaaatgaa  TA-rich tract