Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgcttcttataaaagttgcttcttcttgaatttgattttggtggttgatggtttatatgtctcccttagGTTTATGAGCATAAAATTTATCGATATCTAGAGAATCCGATGGAACCATTGAATTCAATAAAGGACGATGAGCATATTGTGGCCTATCGAGTCAAAAGTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G36020.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10237362|gb|BE806250.1|BE806250
EST:     TAGGCATTGCATGCTGCTTGAAGAGTGATGAAATGCTTGTGCTTGCAGAG                         GTTTATGAGCATAAAATTTATCGATATCTATAGAATCCGATGGAACCATTG
genomic: TAGGCATTGCATGCTGCTTGAAGAGTGATGAAATGCTTTTGCTTGCAGAGgtaagtgctt ... tctcccttagGTTTATGAGCATAAAATTTATCGATATCTAGAGAATCCGATGGAACCATTG
EST: gi|8827229|gb|BE210959.1|BE210959
EST:     TAGGCATTGCATGCTGCTTGAAGAGTGATGAAATGCTTTTGCTTGCAGAG                         GTTTATGAGCATAAAATTTATCGATATCTAGAGAATCCGATGGAACCATTG
genomic: TAGGCATTGCATGCTGCTTGAAGAGTGATGAAATGCTTTTGCTTGCAGAGgtaagtgctt ... tctcccttagGTTTATGAGCATAAAATTTATCGATATCTAGAGAATCCGATGGAACCATTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgcttcttcttgaatttgattttggtggttgatggtttatatgtctcccttagGTTTATGAGCATAAAATTTATCGATATCTAGAGAATCCGATGGAACCATTGAATTCAATAAAGGACGATGAGCATATTGTGGCCTATCGAGTCAAAAGTG
                            ggttgat  putative branch site (score: 5)
                                           tgtctccctt  putative PPT
           ttgaatttgatttt  TA-rich tract