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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taccatctaactctatgtgtccattgttcacttctagccattattataagtttgtgcagattctgttattgattctacatctttcatcctctccgaacagGTCCTTGATGATACAAACAGAGTCCGTGCCTCCCTTCGGGAGAGATTGACCGGTGATGATCCTGATCTCACAACAGATGAACGACTGAGAATAAAGGAGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G33190.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13481870|gb|BG511213.1|BG511213
EST:     AGCTTGTAACCTCTCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTTTATTCAA                         GTCCTTGATGATACAAACAGAGTCCGTGCCTCCCTTCGGGAGAGATTGACC
genomic: AGCTTGTAACCTCTCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTTTATTCAAgtaagtttga ... ctccgaacagGTCCTTGATGATACAAACAGAGTCCGTGCCTCCCTTCGGGAGAGATTGACC
EST: gi|193591625|gb|FK548672.1|FK548672
EST:     AGCTTGTAACCTCTCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTTTATTCAA                         GTCCTTGATGATACAAACAGAGTCCGTGCCTCCCTTCGGGAGAGATTGACC
genomic: AGCTTGTAACCTCTCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTTTATTCAAgtaagtttga ... ctccgaacagGTCCTTGATGATACAAACAGAGTCCGTGCCTCCCTTCGGGAGAGATTGACC
EST: gi|24205704|gb|BU964957.1|BU964957
EST:     AGCTTGTAACCTCTCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTTTATTCAA                         GTCCTTGATGATACAAACAGAGTCCGTGCCTCCCTTCGGGAGAGATTGACC
genomic: AGCTTGTAACCTCTCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTTTATTCAAgtaagtttga ... ctccgaacagGTCCTTGATGATACAAACAGAGTCCGTGCCTCCCTTCGGGAGAGATTGACC
EST: gi|192321002|gb|FK013504.1|FK013504
EST:     AGCTTGTAACCTCTCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTTTATTCAA                         GTCCTTGATGATACAAACAGAGTCCATGCCTCCCTTCGGGAGAGATTGACC
genomic: AGCTTGTAACCTCTCCCAACAAAGATGGCCATGTCAACAATTTTATTCAAgtaagtttga ... ctccgaacagGTCCTTGATGATACAAACAGAGTCCGTGCCTCCCTTCGGGAGAGATTGACC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataagtttgtgcagattctgttattgattctacatctttcatcctctccgaacagGTCCTTGATGATACAAACAGAGTCCGTGCCTCCCTTCGGGAGAGATTGACCGGTGATGATCCTGATCTCACAACAGATGAACGACTGAGAATAAAGGAGT
                     tattgat  putative branch site (score: 3)
 ttctacatctttcatc  CT-rich tract
 ttattgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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taccatctaactctatgtgtccattgttcacttctagccattattataagtttgtgcagattctgttattgattctacatctttcatcctctccgaacagGTCCTTGATGATACAAACAGAGTCCGTGCCTCCCTTCGGGAGAGATTGACCGGTGATGATCCTGATCTCACAACAGATGAACGACTGAGAATAAAGGAGT

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- ccatcta
- - - - - - ctatgtg
- - - - - - - - - - - - tgttcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - -agccatt
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