Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTCGTGCATCCTCTAAAGGGTTGACTCTTGAACTTTGCCGTTGGATTGGTAAAGATAGTGTAAAATCAATTTTGTTTGAGAAAATGAGAGACACAATGgtaagctaaattagttgtctatttttgtagttgttctgatttgttatgttctcctccatatggaaatcttagagtacctttttccccatttctgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32430.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G32430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: PP1S131_18V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
TGTTCGTGCATCCTCTAAAGGGTTGACTCTTGAACTTTGCCGTTGGATTGGTAAAGATAGTGTAAAATCAATTTTGTTTGAGAAAATGAGAGACACAATGgtaagctaaattagttgtctatttttgta-gttgttctgatttgttatgttctcctccatatggaaatcttaga---gtacctttttccccatttctgtag----------------------------------------------------------------------
|||| | || | | | |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||     || | ||||| || ||| | || || ||||| |||    |    ||   || |||| | | |||  |  || | | | |     ||| |   ||  ||  |||   |||   ||||    ||| | | ||                                                                      
TGTTAGAGCCTGCGCGAAAGGGTTAACTATTGAACTTTGCCGGTGGATTGGAAAAGATGCTGTAAAGAACCTTCTTTTTGATAAGATGCGTGATACCATGgtgagcc---tcgtatgcgaatatttgcaagctgtcttccttagatctatgtgaatccgtc--gatttcaaagatgtgtattattttgttgattcccggagagttccacccgtgggtaggttcaggatatgatgaataacattcattttgttcgcgtggtctttctttcag