Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatacattgaaacagattaatttattttaaggtggtagtagacttatttatacggtatttattctcacttttgtattttagACTTTGGCTGCTGCAAGAATGTTGACTGCATCTGGTCCTGGGGGACAAAACCATTGGGGTGATTCAGCAACCAATAATTCAGCCTCGGGCACCCATTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32430.2
intron # 49
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13252146|gb|BG363049.1|BG363049
EST:     ATGCTAAACCTCAACCCATCATCCTTGCCTACATTGAACTTAATCTTGAG                         ACTTTGGCTGCTGCAAGAATGTTGACTGCATCTGGTCCTGGGGGACAAAAC
genomic: ATGCTAAACCTCAACCCATCATCCTTGCCTACATTGAACTTAATCTTGAGgtatacattg ... tgtattttagACTTTGGCTGCTGCAAGAATGTTGACTGCATCTGGTCCTGGGGGACAAAAC
EST: gi|207829014|gb|GD797724.1|GD797724
EST:     ATGCTAAACCTCAACCCATCATCCTTGCCTACATTGAACTTAATCTTGAG                         ACTTTGGCTGCTGCAAGAATGTTGACTGCAT
genomic: ATGCTAAACCTCAACCCATCATCCTTGCCTACATTGAACTTAATCTTGAGgtatacattg ... tgtattttagACTTTGGCTGCTGCAAGAATGTTGACTGCAT
EST: gi|10231247|gb|BE800063.1|BE800063
EST:     TGCTAAACGCT-ATCCCATCATCCTTGCCTACATAGAACTTAATCTTGAG                         ACTTTGGCTGCTGCTAGAATAGT-GACTGCATCTGG
genomic: TGCTAAAC-CTCAACCCATCATCCTTGCCTACATTGAACTTAATCTTGAGgtatacattg ... tgtattttagACTTTGGCTGCTGCAAGAAT-GTTGACTGCATCTGG
EST: gi|6566454|gb|AW234099.1|AW234099
EST:     ATGCTAAACCTCAACCCATCATCCTTGCCTACATTGAACTTAATCTTGAG                         ACTTTGGCTGCTGCAAGAATGTTGACTGCATCTGGTCCTTGGGGACAAAAC
genomic: ATGCTAAACCTCAACCCATCATCCTTGCCTACATTGAACTTAATCTTGAGgtatacattg ... tgtattttagACTTTGGCTGCTGCAAGAATGTTGACTGCATCTGGTCCTGGGGGACAAAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaaggtggtagtagacttatttatacggtatttattctcacttttgtattttagACTTTGGCTGCTGCAAGAATGTTGACTGCATCTGGTCCTGGGGGACAAAACCATTGGGGTGATTCAGCAACCAATAATTCAGCCTCGGGCACCCATTCAG
                                   ttctcac  putative branch site (score: 2)
                               tttattctcactttt  CT-rich tract
            tagacttatttata  TA-rich tract