Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtattagcaactataatatttgtggcacctgaggatgttatttttccggtgaatctttctgatttttagttgatttcagcaaatttttggtttgactagtgtgtacttccttgggtgttacagatgaggaagtcacatttaatttcttattttaatgttgcagTTAGGGCATAACATTGAGAAAGTACGAGAGAAAATGCGGGAGCTCACCAAACAATTTGTTGCCATATATTCTGCGTCTAAATGTTTCCCTTATATATTAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32430.2
intron # 37
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207848179|gb|GD817902.1|GD817902
EST:     CTTTGACAGAATCTGAAGTGGCAGTGTTTCTTCCATGCTTAGTAGAGAAG                         TTAGGGCATAACATTGAGAAAGTACGAGAGAAAAATGCGGGAGCTCGCCAA
genomic: CTTTGACAGAATCTGAAGTGGCAGTGTTTCTTCCATGCTTAGTAGAGAAGgtttgtatta ... aatgttgcagTTAGGGCATAACATTGAGAAAGTACGAGAGAAAA-TGCGGGAGCTCACCAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccttgggtgttacagatgaggaagtcacatttaatttcttattttaatgttgcagTTAGGGCATAACATTGAGAAAGTACGAGAGAAAATGCGGGAGCTCACCAAACAATTTGTTGCCATATATTCTGCGTCTAAATGTTTCCCTTATATATTAG
                                         ttttaat  putative branch site (score: 3)
                     aagtcacatttaattt  TA-rich tract