Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaggtcctcacagctagtgttggtgtttttatgcaatattaaaacaatgcaactgattcagactgatcatacttgttactgtagGCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCTGTGAAGGACTTTGCAGGTTTAGACACATCAGCCTTGAACAAGTTTGTAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32030.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G32030.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv13s0019g04370.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
gtaaaggtcctcacagctagtgttggtgtttttatgcaatattaaaacaatgcaactgattcagactgatcatacttgt-tactgtagGCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCTGTGAAGGACTTTGCAGGTTTAGACACATCAGCCTTGAACAAGTTTGTAG
            | |       ||   || |  | |  |  ||| ||  |  ||  |  ||   |||||  |||   |    |  |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||| ||  | | ||| || || ||| | | | | ||  |||| |||||  ||||||||||  
----------gtataatcccctttcaagtgtc-acgttaagttataattac-cagatattttgcactgacaatatgagaactccatagGCACCAAGCCATGATGATGCTGTGAAACTTGGACTTGCTGTTCTCACTGTTGTTAAAGAGTTTCCTGCTCTGGATTCATCCGCCTTAGACAAGTTTGTCC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19270601|gb|BM886857.1|BM886857
EST:     TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAG                         GCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
genomic: TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAGgtaaaggtcc ... gttactgtagGCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
EST: gi|22931555|gb|BU548694.1|BU548694
EST:     TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAG                         GCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
genomic: TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAGgtaaaggtcc ... gttactgtagGCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
EST: gi|6341955|gb|AW164779.1|AW164779
EST:     TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAA                         GCCCCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
genomic: TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAGgtaaaggtcc ... gttactgtagGCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
EST: gi|193326860|gb|FK290739.1|FK290739
EST:     TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAG                         GCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
genomic: TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAGgtaaaggtcc ... gttactgtagGCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
EST: gi|58020778|gb|CX707520.1|CX707520
EST:     TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAG                         GCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
genomic: TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAGgtaaaggtcc ... gttactgtagGCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
EST: gi|151403693|gb|EV273503.1|EV273503
EST:     TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAG                         GCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
genomic: TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAGgtaaaggtcc ... gttactgtagGCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
EST: gi|51344295|gb|CO985028.1|CO985028
EST:     TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAG                         GCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
genomic: TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAGgtaaaggtcc ... gttactgtagGCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
EST: gi|298163368|gb|HO012101.1|HO012101
EST:     TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAG                         GCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT
genomic: TTCTTCTTAGATTATCACTCCATGATCCTGTACTTCCCCTTAACATTGAGgtaaaggtcc ... gttactgtagGCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgcaatattaaaacaatgcaactgattcagactgatcatacttgttactgtagGCACCTAGTAATGATGATGCTGTGAAGCTTGGACTTGCTGTGCTTGCAGCTGTGAAGGACTTTGCAGGTTTAGACACATCAGCCTTGAACAAGTTTGTAG
                               gactgat  putative branch site (score: 3)
     aatattaaaacaat  TA-rich tract