Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCTTTTCGGGAATATGGAGAAGCTGTGCTGAAACATTTGGAGAACTCAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGGgtatgtttgtcccggcttattgctaaattgtaaagcctgtttagttagcattgaccataaaattcagtaacatcattgagacagttatgaccctaacgtg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32030.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19270601|gb|BM886857.1|BM886857
EST:     CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGG                         GTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT
genomic: CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGGgtatgtttgt ... cttcaaccagGTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT
EST: gi|22931555|gb|BU548694.1|BU548694
EST:     CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGG                         GTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT
genomic: CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGGgtatgtttgt ... cttcaaccagGTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT
EST: gi|6341955|gb|AW164779.1|AW164779
EST:     CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGG                         GTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT
genomic: CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGGgtatgtttgt ... cttcaaccagGTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT
EST: gi|193326860|gb|FK290739.1|FK290739
EST:     CCTGTGAACTATGAAGGG                         GTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT
genomic: CCTGTGAACTATGAAGGGgtatgtttgt ... cttcaaccagGTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT
EST: gi|58020778|gb|CX707520.1|CX707520
EST:     CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGG                         GTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT
genomic: CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGGgtatgtttgt ... cttcaaccagGTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT
EST: gi|51344295|gb|CO985028.1|CO985028
EST:     CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGG                         GTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT
genomic: CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGGgtatgtttgt ... cttcaaccagGTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT
EST: gi|208319741|gb|GE116814.1|GE116814
EST:     CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGG                         GTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGG
genomic: CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGGgtatgtttgt ... cttcaaccagGTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGG
EST: gi|298163368|gb|HO012101.1|HO012101
EST:     CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGG                         GTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT
genomic: CAATTGGCTCTGATCCAAGTCTGCACAAGGCTCCTGTGAACTATGAAGGGgtatgtttgt ... cttcaaccagGTCCGAGTTTCTGGCTATGGTGGATGGTTTCTTCTTAGATTATCACTCCAT