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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaatcagtatgacctatgatttataaatgtcagggacaccatgttgttatttagggcattaccaattttattatgaataccaatactcatgag...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G30080.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22930059|gb|BU547198.1|BU547198
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|22930059|gb|BU547198.1|BU547198
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|22930059|gb|BU547198.1|BU547198
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|22930059|gb|BU547198.1|BU547198
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|22930059|gb|BU547198.1|BU547198
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|209715121|gb|BW677164.1|BW677164
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|31473948|gb|CD415976.1|CD415976
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|14516408|gb|BI095080.1|BI095080
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|19452661|gb|BM954071.1|BM954071
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|19452661|gb|BM954071.1|BM954071
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|19452661|gb|BM954071.1|BM954071
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|19452661|gb|BM954071.1|BM954071
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|19452661|gb|BM954071.1|BM954071
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|14206074|gb|BG839752.1|BG839752
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|31471558|gb|CD413586.1|CD413586
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|151394515|gb|EV264386.1|EV264386
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAA-TGTCCAGCAG                         GAGCAGCACACATGCTATGTAGCATTGCACCCCACAAGT
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggagCAGCAACA-ACATGCTATGTAGCATTGCACCC-ACAAGT
EST: gi|31472649|gb|CD414677.1|CD414677
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|14205703|gb|BG839381.1|BG839381
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|10232148|gb|BE801036.1|BE801036
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|192319094|gb|FK010630.1|FK010630
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|192319094|gb|FK010630.1|FK010630
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|192319094|gb|FK010630.1|FK010630
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|192319094|gb|FK010630.1|FK010630
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|192319094|gb|FK010630.1|FK010630
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|8825731|gb|BE209397.1|BE209397
EST:     GGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg