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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctacatcaattcctgtctatgaaatttgtttattttttttttattgcagataatgatagtagctgagttttatgtgtatatttctgtttgatttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G30080.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22930059|gb|BU547198.1|BU547198
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|209715121|gb|BW677164.1|BW677164
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AG
EST: gi|31473948|gb|CD415976.1|CD415976
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AG
EST: gi|14516408|gb|BI095080.1|BI095080
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AG
EST: gi|19452661|gb|BM954071.1|BM954071
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|14206074|gb|BG839752.1|BG839752
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AG
EST: gi|31471558|gb|CD413586.1|CD413586
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AG
EST: gi|151394515|gb|EV264386.1|EV264386
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAA-TGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
EST: gi|31472649|gb|CD414677.1|CD414677
EST:     ATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG
genomic: ATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AG
EST: gi|14205703|gb|BG839381.1|BG839381
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AG
EST: gi|10232148|gb|BE801036.1|BE801036
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AG
EST: gi|192319094|gb|FK010630.1|FK010630
EST:     TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATG                         GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
genomic: TCCAGGAACAATCACCACCAATCTTTTCCGGCATAACAGTGCAGTGAATGgtaactacca ... atttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcagataatgatagtagctgagttttatgtgtatatttctgtttgatttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG
                                        gtttgat  putative branch site (score: 5)
                      ttttatgtgtatattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ctacatcaattcctgtctatgaaatttgtttattttttttttattgcagataatgatagtagctgagttttatgtgtatatttctgtttgatttgagcagGTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG

- - - - - -cctgtct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tattgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtagctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgtgt