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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggatacaatgtactctttttaacccagaataggattcaaacactcctcgtgtttcatatgggattttcctgacaccttgtccaacctttaatgcagggagCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATCAGTGGCAAGTATTTTTCAGACAGTAATTTGGCAAAAACAACCGCACAGGGGAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G30080.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22930059|gb|BU547198.1|BU547198
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|22930059|gb|BU547198.1|BU547198
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|22930059|gb|BU547198.1|BU547198
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|22930059|gb|BU547198.1|BU547198
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|22930059|gb|BU547198.1|BU547198
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|209715121|gb|BW677164.1|BW677164
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|31473948|gb|CD415976.1|CD415976
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|14516408|gb|BI095080.1|BI095080
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|19452661|gb|BM954071.1|BM954071
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|19452661|gb|BM954071.1|BM954071
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|19452661|gb|BM954071.1|BM954071
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|19452661|gb|BM954071.1|BM954071
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|19452661|gb|BM954071.1|BM954071
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|14206074|gb|BG839752.1|BG839752
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|31471558|gb|CD413586.1|CD413586
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|151394515|gb|EV264386.1|EV264386
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAA-TGTCCAGCAG                         GAGCAGCACACATGCTATGTAGCATTGCACCCCACAAGT
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggagCAGCAACA-ACATGCTATGTAGCATTGCACCC-ACAAGT
EST: gi|31472649|gb|CD414677.1|CD414677
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|14205703|gb|BG839381.1|BG839381
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|10232148|gb|BE801036.1|BE801036
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg
EST: gi|192319094|gb|FK010630.1|FK010630
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|192319094|gb|FK010630.1|FK010630
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|192319094|gb|FK010630.1|FK010630
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|192319094|gb|FK010630.1|FK010630
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|192319094|gb|FK010630.1|FK010630
EST:     GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAG                         G
genomic: GTCTAATTAATGTGATTGGGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGgtacgttgaa ... atgcagggag-
EST: gi|8825731|gb|BE209397.1|BE209397
EST:     GGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGCAGGGAG                      
genomic: GGAGACTGGTGCTTAAAAATGTCCAGC----AGgtacgttgaa ... atgcagg


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcgtgtttcatatgggattttcctgacaccttgtccaacctttaatgcagggagCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATCAGTGGCAAGTATTTTTCAGACAGTAATTTGGCAAAAACAACCGCACAGGGGAC
      tttcatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ggatacaatgtactctttttaacccagaataggattcaaacactcctcgtgtttcatatgggattttcctgacaccttgtccaacctttaatgcagggagCAGCAACAACATGCTATGTAGCATTGCACCCACAAGTAAAGGGAATCAGTGGCAAGTATTTTTCAGACAGTAATTTGGCAAAAACAACCGCACAGGGGAC

- - - aatgtac
- - - - - - - - - - - cccagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - caaacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caccttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaacct