1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aaatttataataggaatattggaaggcttataatgtagatgtgcacaataattaggcctaatactaatgctgcaaatgaattatgcattttgtgctgcagATGACAGCTTCTCACTTGCCATACACCAGAAATGGTCTGAAATTTTTTACAAAGAGAGGTGGACTGACTTCAACAGAGGTGGAGGAAATATGTGAAAAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G02220.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTTCATGAGCACTTTGTTGCCTCCATTTGCCTATGATGCTTCAATGATG ATGACAGCTTCTCACTTGCCATACACCEST: gi|151405428|gb|EV275242.1|EV275242
genomic: GTTTCATGAGCACTTTGTTGCCTCCATTTGCCTATGATGCTTCAATGATGgtaggctacc ... tgtgctgcagATGACAGCTTCTCACTTGCCATACACC
EST: GTTTCATGAGCACTTTGTTGCCTCCATTTGCCTATGATGCTTCAATGATG ATGACAGCTTCTCACTTGCCATACACCAGAAATGGTCTGAAATTTTTTACA
genomic: GTTTCATGAGCACTTTGTTGCCTCCATTTGCCTATGATGCTTCAATGATGgtaggctacc ... tgtgctgcagATGACAGCTTCTCACTTGCCATACACCAGAAATGGTCTGAAATTTTTTACA
caataattaggcctaatactaatgctgcaaatgaattatgcattttgtgctgcagATGACAGCTTCTCACTTGCCATACACCAGAAATGGTCTGAAATTTTTTACAAAGAGAGGTGGACTGACTTCAACAGAGGTGGAGGAAATATGTGAAAAAG
tactaat putative branch site (score: 1)
aaatgaattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaatttataataggaatattggaaggcttataatgtagatgtgcacaataattaggcctaatactaatgctgcaaatgaattatgcattttgtgctgcagATGACAGCTTCTCACTTGCCATACACCAGAAATGGTCTGAAATTTTTTACAAAGAGAGGTGGACTGACTTCAACAGAGGTGGAGGAAATATGTGAAAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - -tggaagg
- - - - - - - - - - - - - - - -aatgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcattt