1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TATGATTGTCCAAGGAAGGTCTTAAAGTTCTTAACAGATCTCCATGCTGCATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttattacttgtaccttgtctgtgcattatttttttttttcctattgtcactgcattaccttcatcagataatggtactgacgttgcattcccaat...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G36680.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|207705168|gb|GD687761.1|GD687761
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|209727236|gb|BW655247.1|BW655247
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|151397327|gb|EV267200.1|EV267200
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|192300429|gb|FG991471.1|FG991471
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|31308989|gb|CD394192.1|CD394192
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTTATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|31470516|gb|CD412544.1|CD412544
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTGTACTATGATGTTAAGAEST: gi|208056119|gb|GD852412.1|GD852412
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|8283491|gb|BE021050.1|BE021050
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|192325592|gb|FK019448.1|FK019448
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|192332844|gb|FK026845.1|FK026845
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATTTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|31306126|gb|CD391329.1|CD391329
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|151408235|gb|EV278043.1|EV278043
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|208285613|gb|GE087337.1|GE087337
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAATCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|308098557|gb|HO760298.1|HO760298
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGAEST: gi|192305270|gb|FG993994.1|FG993994
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: ATTCCGCATGCTTAATTTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATGATTGTCCAAGGAAGGTCTTAAAGTTCTTAACAGATCTCCATGCTGCATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttattacttgtaccttgtctgtgcattatttttttttttcctattgtcactgcattaccttcatcagataatggtactgacgttgcattcccaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT