Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaaaactatgtgtgcttaaggtatttgtgcagttggcatggagtttgtattcactcgtaccttctgtttggttgatatctttccactattggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGATTCGGGGTTTGACACCGAATGGTGAGCCAGTTGGAGACTTGGAGATCAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G36680.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G36680.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT2G37020.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
aaaaactatgtgtgcttaaggtatttgtgcagttggcatggagtttgtattcactcgtaccttctgtttggttgatatctttccactattggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGATTCGGGGTTTGACACCGAATGGTGAGCCAGTTGGAGACTTGGAGATCAA
                ||||  ||   |     |  |      | | | | || | |       |   |     | |  |      |       || |||| |||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||   |    || || ||   ||| | |   |   || |
---------------gtaagtcatacatatctctaactgctcttctttctccatttgcgatggttacataaaaaaaaaatcgattttgaca-tgtgacagGTATGAAGTACGACCTAAGAAGAGTGGAAGAAGTTTACTATGATGTCAAGATCCGAGGTTTGATTTCCGGCGGAGATCCTCCTGGCGTCCAAGCAGTCCA

upper sequence: GLYMA19G36680.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv08s0040g01630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
----aaaaacta-tgtgtgcttaaggtatttgtgcagttg--gcatggagtttgtattcactcgtaccttctgtttggttgat--atctttccactattggcttgg---------------------cagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGATTCGGGGTTTGACACCGAATGGTGAGCCAGTTGGAGACTTGGAGATCAA---
    | ||  || | ||  ||||    | || | |   |   | |   | | | ||||   |  |  ||    |||   |||   |  ||| ||    || ||||                      |||| |||||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |    || | |||   ||||     ||  || || ||   
gtacagaatttactttgatcttattccacttttactaatattggaccaaatgtatattagattctttctctcattttcatgaacaaagttttcatctctgacttgcatgaaaaactttattttgtgccagGAATGAAGTATGACCTGAGAAGAGTTGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGATCCGAGGCTTGGCTGACAAAGCTGAAGAAGTTT---CCTATGATATTAAGAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151394863|gb|EV264734.1|EV264734
EST:     ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|207705168|gb|GD687761.1|GD687761
EST:     ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|209727236|gb|BW655247.1|BW655247
EST:     ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|151397327|gb|EV267200.1|EV267200
EST:     ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|192300429|gb|FG991471.1|FG991471
EST:     ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|31308989|gb|CD394192.1|CD394192
EST:     ATTCCGCATGCTTTATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|31470516|gb|CD412544.1|CD412544
EST:     ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTGTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|208056119|gb|GD852412.1|GD852412
EST:     ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|8283491|gb|BE021050.1|BE021050
EST:     ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|192325592|gb|FK019448.1|FK019448
EST:     ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|192332844|gb|FK026845.1|FK026845
EST:     ATTCCGCATGCTTAATTTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|31306126|gb|CD391329.1|CD391329
EST:     ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|151408235|gb|EV278043.1|EV278043
EST:     ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|208285613|gb|GE087337.1|GE087337
EST:     ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAATCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|308098557|gb|HO760298.1|HO760298
EST:     ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
EST: gi|192305270|gb|FG993994.1|FG993994
EST:     ATTCCGCATGCTTAATTTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATG                         GCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA
genomic: ATTCCGCATGCTTAATCTACGAAATGATTTTTTGCGAAAGAAGTTTGATGgtatgttatt ... ggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtattcactcgtaccttctgtttggttgatatctttccactattggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGATTCGGGGTTTGACACCGAATGGTGAGCCAGTTGGAGACTTGGAGATCAA
                        ggttgat  putative branch site (score: 5)
                             atatcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaaaactatgtgtgcttaaggtatttgtgcagttggcatggagtttgtattcactcgtaccttctgtttggttgatatctttccactattggcttggcagGCATGAAGTATGACTTAAGAAAAGTCGAAGAAGTTTACTATGATGTTAAGATTCGGGGTTTGACACCGAATGGTGAGCCAGTTGGAGACTTGGAGATCAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGATCA
- - - - tgtgtgc
- - - - - - - - - - - - - - gcagttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttccact