Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgtttattggcacctacatatactatcaaatttctgtatgttcaaggaaaatacatcatgacaattacaccttattttgccattcatttgactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGGAAGGTCTTAAAGTTCTTAACAGATCTCCATGCTGCATTCCGCATGCTTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G36680.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G36680.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0040g01630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
ttgtttattggcacctacatatactatcaaatttctgtatgttcaaggaaaat-acatcatgacaattacaccttattttgccattc-atttgactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGGAAGGTCTTAAAGTTCTTAACAGATCTCCATGCTGCATTCCGCATGCTTA
  ||  | |||          |  ||  ||   | |   |||| |    | || | |   |  |  | |  |  || ||       | || ||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
--gtgcaatggggatgtttagttgtaagaagaatttagctgttaagtttagatcagaattttgctttaaatcggtagttaattgggctatgtgaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGAAAGGTGTTGAAGTTCTTAACAGATCTCCATGCAGCCTTCCGCATGCTTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151394863|gb|EV264734.1|EV264734
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
EST: gi|209727236|gb|BW655247.1|BW655247
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
EST: gi|193655938|gb|FK606624.1|FK606624
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCA
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCA
EST: gi|151397327|gb|EV267200.1|EV267200
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
EST: gi|192300429|gb|FG991471.1|FG991471
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
EST: gi|192332843|gb|FK026844.1|FK026844
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         CCAAG-TATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTC
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTC
EST: gi|31470516|gb|CD412544.1|CD412544
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
EST: gi|8283491|gb|BE021050.1|BE021050
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
EST: gi|192325592|gb|FK019448.1|FK019448
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
EST: gi|298191793|gb|HO035875.1|HO035875
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         TCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
EST: gi|192332844|gb|FK026845.1|FK026845
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
EST: gi|31306126|gb|CD391329.1|CD391329
EST:     GTGTCTGTTTAATGTCTAATGAATTG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
EST: gi|151408235|gb|EV278043.1|EV278043
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTCG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAG
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATT-Ggtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAG
EST: gi|308098557|gb|HO760298.1|HO760298
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
EST: gi|192305270|gb|FG993994.1|FG993994
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGG
EST: gi|298180406|gb|HO021959.1|HO021959
EST:     GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTG                         CCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGT
genomic: GTGTCTGTTTTATGTCTAATGAATTGgtaagaactt ... gactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aggaaaatacatcatgacaattacaccttattttgccattcatttgactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGGAAGGTCTTAAAGTTCTTAACAGATCTCCATGCTGCATTCCGCATGCTTA
                                         atttgac  putative branch site (score: 4)
                           ttatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgtttattggcacctacatatactatcaaatttctgtatgttcaaggaaaatacatcatgacaattacaccttattttgccattcatttgactttgcagCCAAGGTATGTGGTGAATCAAGTGACAGCTGGGGACTATGATTGTCCAAGGAAGGTCTTAAAGTTCTTAACAGATCTCCATGCTGCATTCCGCATGCTTA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - -cacctac
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccattca