1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
agtacggaatattaattcttctaaatagacatttatcatgaaaaatttgcatttttctgtttctcctaactgtctgtggaaacttatttggtaGGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGAAGGACTCATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G46920.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATGTTATGGAAAAAGTTCTTGA AGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGAEST: gi|208049368|gb|GD845737.1|GD845737
genomic: GATGTTATGGAAAAAGTTCTTGAagtacggaat ... ttatttggtaGGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGA
EST: GGATTCAAACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGA AGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGAEST: gi|16346580|gb|BI972175.1|BI972175
genomic: GGATTCAAACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGAagtacggaat ... ttatttggtaGGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGA
EST: GGATTCAAACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGA AGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGAEST: gi|151411297|gb|EV281108.1|EV281108
genomic: GGATTCAAACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGAagtacggaat ... ttatttggtaGGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGA
EST: GGATTCAAACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGA AGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTEST: gi|21994851|gb|BQ786379.1|BQ786379
genomic: GGATTCAAACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGAagtacggaat ... ttatttggtaGGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATT
EST: GGATTCAAACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGA AGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGAEST: gi|37997634|gb|CF809223.1|CF809223
genomic: GGATTCAAACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGAagtacggaat ... ttatttggtaGGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGA
EST: GGATTCACACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGA AGTTAGCAGCGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGAEST: gi|13482359|gb|BG511702.1|BG511702
genomic: GGATTCAAACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGAagtacggaat ... ttatttggtaGGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGA
EST: GGATTCAAACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGA AGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGAEST: gi|19935078|gb|BQ080108.1|BQ080108
genomic: GGATTCAAACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGAagtacggaat ... ttatttggtaGGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGA
EST: GGATTCAAACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGA AGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAA
genomic: GGATTCAAACCAGACATATTGGACATGGATGTTATGGAAAAAGTTCTTGAagtacggaat ... ttatttggtaGGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAA
tgaaaaatttgcatttttctgtttctcctaactgtctgtggaaacttatttggtaGGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGAAGGACTCATG
tcctaac putative branch site (score: 1)
cttattt putative PPT
aaacttattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtacggaatattaattcttctaaatagacatttatcatgaaaaatttgcatttttctgtttctcctaactgtctgtggaaacttatttggtaGGTTAGCAGTGAAGATGCAGTTAACATGGCTAGGGTGTTGGCATTGAAGGAAGGACTCATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA