1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
ggtgatgctatatcacaattcaaagtacaaactgaacaaatgttctgttagatacacttgttaaaacccttgaactgcttttgattatattaGATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G46920.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAGTCTCTGGGGTTGGACAATATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAA GATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACCEST: gi|151411297|gb|EV281108.1|EV281108
genomic: ACAGTCTCTGGGGTTGGACAATATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAAggtgatgcta ... gattatattaGATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACC
EST: ACAGTCTCTGGGGTTGGACAATATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAA GATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACCEST: gi|21994851|gb|BQ786379.1|BQ786379
genomic: ACAGTCTCTGGGGTTGGACAATATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAAggtgatgcta ... gattatattaGATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACC
EST: ACAGTCTCTGGGGTTGGACAATATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAA GATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACCEST: gi|17519084|gb|BM188126.1|BM188126
genomic: ACAGTCTCTGGGGTTGGACAATATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAAggtgatgcta ... gattatattaGATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACC
EST: ACAGTCTCTGGGGTTGGACAATATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAA GATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACCEST: gi|37997634|gb|CF809223.1|CF809223
genomic: ACAGTCTCTGGGGTTGGACAATATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAAggtgatgcta ... gattatattaGATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACC
EST: ACAGTCTCTGGGGTTGGACAATATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAA GATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACCEST: gi|10843246|gb|BF066554.1|BF066554
genomic: ACAGTCTCTGGGGTTGGACAATATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAAggtgatgcta ... gattatattaGATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACC
EST: ACAGTCTCTGGGGTTGGACANTATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAA GATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACCEST: gi|19935078|gb|BQ080108.1|BQ080108
genomic: ACAGTCTCTGGGGTTGGACAATATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAAggtgatgcta ... gattatattaGATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACC
EST: ACAGTCTCTGGGGTTGGACAATATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAA GATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACC
genomic: ACAGTCTCTGGGGTTGGACAATATCTTAAATCCAAAAATCCTAATGTTAAggtgatgcta ... gattatattaGATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACC
aaatgttctgttagatacacttgttaaaacccttgaactgcttttgattatattaGATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACCT
ttttgat putative branch site (score: 4)
ttttgattatatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggtgatgctatatcacaattcaaagtacaaactgaacaaatgttctgttagatacacttgttaaaacccttgaactgcttttgattatattaGATATATGGAGTGGAGCCAAGTGAAAGCAATGTGCTGAATGGTGGTAAACCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG