Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagaattcatgtcatggaaattttcctttattaaaacactttgaaggtatcttatccttttctaccatgatatataatgccacattaaattgctctgttagGAAGCAAAACTTGCATTTAAAGCTCTTTTGGAATCTGTGAATGTTCAGTCTGATTGGACATGGGAACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G35120.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G35120.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: AT1G44910.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
gtaagaattcatgtcatggaaattttcctttattaaaacactttgaaggtatcttatccttttctacc-atgatatataatgccacattaaattgctctgt-tagGAAGCAAAACTTGCATTTAAAGCTCTTTTGGAATCTGTGAATGTTCAGTCTGATTGGACATGGGAACAG
    | | |  | | ||   |||||||   |  | | |    |   |  | |   ||  | || ||      ||  || |            ||  | | | ||||| || |||  ||| || ||  |||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||
----gtactt-tcttatcctaattttctcctcctgatatctctcatatctgtaccataatgttttatttgccattcatcaacttttgcactgttattttttctagGAGGCCAAAGCTGCTTTCAAGTCTCTTTTGGAATCTGTAAATGTTCATTCCGACTGGACATGGGAACAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatcttatccttttctaccatgatatataatgccacattaaattgctctgttagGAAGCAAAACTTGCATTTAAAGCTCTTTTGGAATCTGTGAATGTTCAGTCTGATTGGACATGGGAACAG
                                           ttgctct  CT-rich tract
                    atgatatataat  TA-rich tract