Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aacatggaattgacactcttttcttgatttcagtatagcatctcttgttcaccttggtttatgacaaaatgcttcaccgtttaatctattttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAACATATGAGGTCCTTTGCAAACATCTGCAATGTAGGGATAAAGAATGAGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G34900.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23731606|gb|BU763935.1|BU763935
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTTA-TTTCTTTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|298184228|gb|HO029441.1|HO029441
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|26047173|gb|CA784046.1|CA784046
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|151411506|gb|EV281317.1|EV281317
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|208285212|gb|GE086012.1|GE086012
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|193419133|gb|FK384841.1|FK384841
EST:     CGGCGGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: CGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|120493304|gb|EH221471.1|EH221471
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|23725305|gb|BU760604.1|BU760604
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|120491889|gb|EH220056.1|EH220056
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|26048148|gb|CA784722.1|CA784722
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|193452748|gb|FK420652.1|FK420652
EST:     TCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: TCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|14126131|gb|BG790569.1|BG790569
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACCTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|15664604|gb|BI701975.1|BI701975
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|21601611|gb|BQ611942.1|BQ611942
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|120532682|gb|EH260815.1|EH260815
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|120532448|gb|EH260581.1|EH260581
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|120531033|gb|EH259166.1|EH259166
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|26049058|gb|CA785511.1|CA785511
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|27426264|gb|CA937784.1|CA937784
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|23050105|gb|BU576969.1|BU576969
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|193605032|gb|FK556346.1|FK556346
EST:     CGGCGGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCTTGAAA
genomic: CGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|26047160|gb|CA784037.1|CA784037
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAAACACATTGTGGATCCTTGTCTCAATATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|22523523|gb|BU082334.1|BU082334
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|22525109|gb|BU083920.1|BU083920
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|120493109|gb|EH221276.1|EH221276
EST:     TGATGATTGGCACTGCCTT-AAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTG-GGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: TGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|26047624|gb|CA784350.1|CA784350
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|193722299|gb|FK656247.1|FK656247
EST:     CGGCGGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: CGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|254344792|gb|GR855556.1|GR855556
EST:     GCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|151413119|gb|EV282927.1|EV282927
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|193497184|gb|FK458206.1|FK458206
EST:     CGGCGGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: CGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|120529424|gb|EH257558.1|EH257558
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|207747284|gb|GD719821.1|GD719821
EST:     CGGCCGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: CGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|120532675|gb|EH260808.1|EH260808
EST:     CACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: CACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|298192632|gb|HO033066.1|HO033066
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|7589658|gb|AW705428.1|AW705428
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|22522586|gb|BU081397.1|BU081397
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|21602689|gb|BQ613020.1|BQ613020
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|6667650|gb|AW279101.1|AW279101
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|20075862|gb|BQ094645.1|BQ094645
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|120494378|gb|EH222545.1|EH222545
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|15000643|gb|BI321457.1|BI321457
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGTCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|120491705|gb|EH219872.1|EH219872
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|31311059|gb|CD396262.1|CD396262
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
EST: gi|11688932|gb|BF596670.1|BF596670
EST:     GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATG                         GTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA
genomic: GACCGGCAGGATCGGCACTTGTTGATGATTGGCACTGCCTTAAAACCATGgtatcatttt ... ttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttcaccttggtttatgacaaaatgcttcaccgtttaatctattttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAACATATGAGGTCCTTTGCAAACATCTGCAATGTAGGGATAAAGAATGAGC
                                 gtttaat  putative branch site (score: 4)
                                       tctatttt  CT-rich tract
                                  tttaatctattttgaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aacatggaattgacactcttttcttgatttcagtatagcatctcttgttcaccttggtttatgacaaaatgcttcaccgtttaatctattttgaatgcagGTGAGGACTTTTGAGACACATTGTGGATCCTTGTCTCAGTATGGCATGAAACATATGAGGTCCTTTGCAAACATCTGCAATGTAGGGATAAAGAATGAGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- catggaa
- - - - - tgacact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttcacc