Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGCTGGAGGCACAGGAATTACTCCTATGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAGgtgggtaataaacctctgctttgctttcccccaagatatagttttcctttctctactcttctcttaattatgttatcaaacagtgaggtatgaatagttc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G12530.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209717393|gb|BW659069.1|BW659069
EST:     TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAG                         ATATCTTTACTTTATGCTTATGTCTCCCCGGATGACATACTGC
genomic: TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAGgtgggtaata ... tcatggacagATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGC
EST: gi|11414158|gb|BF426169.1|BF426169
EST:     TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAG                         ATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACAA
genomic: TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAGgtgggtaata ... tcatggacagATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACAA
EST: gi|254335317|gb|GR846814.1|GR846814
EST:     TGCTTCAG-TAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAG                         ATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCC-GGATGACATACTGCTTAAACAA
genomic: TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAGgtgggtaata ... tcatggacagATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACAA
EST: gi|13790600|gb|BG653191.1|BG653191
EST:     TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAG                         ATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACAA
genomic: TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAGgtgggtaata ... tcatggacagATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACAA
EST: gi|254335318|gb|GR846815.1|GR846815
EST:     TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAG                         ATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACAA
genomic: TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAGgtgggtaata ... tcatggacagATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACAA
EST: gi|209717394|gb|BW659070.1|BW659070
EST:     TTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAG                         ATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACAA
genomic: TTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAGgtgggtaata ... tcatggacagATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACAA
EST: gi|193485021|gb|FK449459.1|FK449459
EST:     TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAG                         ATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATG
genomic: TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAGgtgggtaata ... tcatggacagATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATG
EST: gi|214009286|gb|DB989918.1|DB989918
EST:     TCCTGATGACAAAACTCAG                         ATAAATTTACTTTATGCTTTTGAAAT-CCCGGATGACATACTGCTTAAACA
genomic: TCCTGATGACAAAACTCAGgtgggtaata ... tcatggacagATATCTTTACTTTATGCTAATG-TCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACA
EST: gi|6071914|gb|AW101301.1|AW101301
EST:     TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAG                         ATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACAA
genomic: TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAGgtgggtaata ... tcatggacagATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACAA
EST: gi|16343984|gb|BI969579.1|BI969579
EST:     TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAG                         ATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACAA
genomic: TGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAGgtgggtaata ... tcatggacagATATCTTTACTTTATGCTAATGTCTCCCCGGATGACATACTGCTTAAACAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTGCTGGAGGCACAGGAATTACTCCTATGCTTCAGGTAATTGAAGCTATATTGAGGAATCCTGATGACAAAACTCAGgtgggtaataaacctctgctttgctttcccccaagatatagttttcctttctctactcttctcttaattatgttatcaaacagtgaggtatgaatagttc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttccccc