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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CACTCGTTCCGGATAAATGGGTCGAGTTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAGgtacgacaactcgtcaatttgcacacgattaaatttcttttgttttctcctttaatttttgtttacgttttttttaattagttgttcgtttgatataaat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G12530.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209717393|gb|BW659069.1|BW659069
EST:     TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAG                         GTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCTTGCAT
genomic: TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAGgtacgacaac ... ttgatgccagGTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCTTGCAT
EST: gi|11414158|gb|BF426169.1|BF426169
EST:     TTTAAGTAGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAG                         GTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCTTGCAT
genomic: TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAGgtacgacaac ... ttgatgccagGTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCTTGCAT
EST: gi|151408308|gb|EV278116.1|EV278116
EST:     TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAG                         GTTTTCATTTGATCCCACTCACAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCT
genomic: TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAGgtacgacaac ... ttgatgccagGTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCT
EST: gi|11689821|gb|BF597497.1|BF597497
EST:     TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAG                         GTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCTTGCAT
genomic: TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAGgtacgacaac ... ttgatgccagGTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCTTGCAT
EST: gi|254335317|gb|GR846814.1|GR846814
EST:     TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAG                         GTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCTTGCAT
genomic: TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAGgtacgacaac ... ttgatgccagGTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCTTGCAT
EST: gi|192309123|gb|FG999070.1|FG999070
EST:     TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAG                         GTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCTTGCAT
genomic: TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAGgtacgacaac ... ttgatgccagGTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCTTGCAT
EST: gi|208275957|gb|GE075189.1|GE075189
EST:     TTTAAGTTGCAGGACACTGCCAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAG                         GTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCT
genomic: TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAGgtacgacaac ... ttgatgccagGTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCT
EST: gi|207791161|gb|GD760562.1|GD760562
EST:     TTTAAGTTGCAGGACACTGCCAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAG                         GTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCT
genomic: TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAGgtacgacaac ... ttgatgccagGTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCT
EST: gi|7588554|gb|AW704277.1|AW704277
EST:     TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAG                         GTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCTTGCAT
genomic: TTTAAGTTGCAGGATACTGCTAGGGTTAGTCACAATACCCAGCTATTCAGgtacgacaac ... ttgatgccagGTTTTCATTTGATCCCACTCAGAAATTGGGTCTGGATATTGCTTCTTGCAT