Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcaaataggccgtgacgaaggccttcggattataattgccactggtcagtgccttcttggtttagcttcaatctaatcctatccaacatgtttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGGTGGAATCATGAGCACATTTGATGATTAAAAGTTTGGTTAGATTGAATTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G12370.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G12370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv11s0016g05270.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
tcaaataggccgtgacgaaggccttcggattataattgccactggtcagtgccttcttggtttagcttcaatctaatcct-atccaacat----gtttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGGTGGAATCATGAGCACATTTGATGATTAAA-AGTTTGGTTAGATTGAATTC
|   |  | || |   | | ||| | |||   |  |||  |  | |      ||  |  || || |    | || || || | | || ||    ||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||   ||| |||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||   ||||   |   | || |   
ttccaccgtcccttgtgcaagccat-ggagagtggttgatatagat----atctcatctgtgtacccattacctgattctcacctaaaattcttgttccttgcagAGGCAGAAGGGAGATTTTATGTGGGGATTGCAATGGAGCAGGCTTTATTGGAGGATTCATGAGCACATTTGATGAGTAGTTAGTTCTATGGAACTGGAAG-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58018467|gb|CX705209.1|CX705209
EST:     GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAG                         GGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
genomic: GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAGgtaactgtac ... tttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
EST: gi|6964373|gb|AW433066.1|AW433066
EST:     GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAG                         GGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
genomic: GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAGgtaactgtac ... tttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
EST: gi|151398924|gb|EV268795.1|EV268795
EST:     GACCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAG                         GGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
genomic: GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAGgtaactgtac ... tttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
EST: gi|11687502|gb|BF595178.1|BF595178
EST:     GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAN                         GGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTGTCTTGG
genomic: GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAGgtaactgtac ... tttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
EST: gi|8825823|gb|BE209553.1|BE209553
EST:     GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAG                         GGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
genomic: GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAGgtaactgtac ... tttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
EST: gi|298187460|gb|HO034609.1|HO034609
EST:     GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAG                         GGGTAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
genomic: GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAGgtaactgtac ... tttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
EST: gi|10255183|gb|BE822949.1|BE822949
EST:     GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAG                         GGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
genomic: GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAGgtaactgtac ... tttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
EST: gi|120529846|gb|EH257980.1|EH257980
EST:     GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAG                         GGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
genomic: GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAGgtaactgtac ... tttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
EST: gi|120529911|gb|EH258045.1|EH258045
EST:     GATCACTTCAATGGACCATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAG                         GGGCCAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
genomic: GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAGgtaactgtac ... tttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
EST: gi|192314267|gb|FK007005.1|FK007005
EST:     GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAG                         GGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
genomic: GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAGgtaactgtac ... tttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
EST: gi|192314268|gb|FK007006.1|FK007006
EST:     GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAG                         GGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG
genomic: GATCACTTCAATGGACAATTTAAAGCCGGTGGATTGTGTTGGCTATGCAGgtaactgtac ... tttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcagtgccttcttggtttagcttcaatctaatcctatccaacatgtttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGGTGGAATCATGAGCACATTTGATGATTAAAAGTTTGGTTAGATTGAATTC
                         atctaat  putative branch site (score: 3)
                                           tgtttctt  putative PPT
                        aatctaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcaaataggccgtgacgaaggccttcggattataattgccactggtcagtgccttcttggtttagcttcaatctaatcctatccaacatgtttcttgcagGGGCAAAAGGGATATTTTATGTGGATCTTGTAATGGAGCTGGCTTTCTTGGTGGAATCATGAGCACATTTGATGATTAAAAGTTTGGTTAGATTGAATTC

- - - -ggccgtg
- - - - - - - - gaaggcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgccact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agcttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaacat