Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgtggtggtcatattttcacattgttggatagtttgttttgattcacattttcgattgtgttataaaattttcaactgtgttctgatatggctctgcagTTCATCTTCTCAACCGCAACTGATGGAAAAATAAAAGCATGGTTGTATGATAACATGGGTTCTAGGGTTGACTATGATGCACCTGGTCATTCTTCTACTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G12110.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G12110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv11s0016g05620.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
atgtggtggtcatattttcacattgttggatagtttgttttgattca--catttt-cgattgtgttataaaattttcaactgtgttctgatatggctctgcagTTCATCTTCTCAACCGCAACTGATGGAAAAATAAAAGCATGGTTGTATGATAACATGGGTTCTAGGGTTGACTATGATGCACCTGGTCATTCTTCTACTA
 | | ||  |      ||  | ||   | | |  |    | ||||    ||| |   | || ||||  ||||||| |  ||   ||||| | |   ||  ||||| || |||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |
-ttttgtatttggtgctttgcgttaa-gaacaactgaactagattttatcatatggtggttatgtttaaaaatttcccccttatttctggtttccatcc-cagTTTATATTCTCAACAGCAATTGATGGGAAAATAAAGGCATGGTTGTATGATAACATGGGCTCTAGAGTTGATTATGATGCACCGGGTCATTCATCTACAA

upper sequence: GLYMA17G12110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: PP1S316_34V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 13
atgtggtggtcatattttcacattgttggatagtttgttttgattcacattttcgattgtgttataaaattttcaactgtgttc-tgatatggctctgcagTTCATCTTCTCAACCGCAACTGATGGAAAAATAAAAGCATGGTTGTATGATAACATGGGTTCTAGGGTTGACTATGATGCACCTGGTCATTCTTCTACTA
   |  |     |     |    |  |    | | || ||  ||    | |      |     || |    |  || ||| |   ||   |     | ||||| || |||||||| || | |||||| || |||||||| ||| | ||||||  | | || ||||| |||||||| ||||||||||||||||  |  ||||
-cttatttaagctgccaacgaggtagttagaaatgtgcttctatctgtactgcattgtacagcatgagccctaaaattgtttgaatggcctacaatttcagTTTATATTCTCAACAGCTATTGATGGCAAGATAAAAGCTTGGCTCTATGATCTCCTTGGATCTAGAGTTGACTACGATGCACCTGGTCATTGGTGCACTA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cacattttcgattgtgttataaaattttcaactgtgttctgatatggctctgcagTTCATCTTCTCAACCGCAACTGATGGAAAAATAAAAGCATGGTTGTATGATAACATGGGTTCTAGGGTTGACTATGATGCACCTGGTCATTCTTCTACTA
                                    ttctgat  putative branch site (score: 3)
          attgtgttataaaatt  TA-rich tract